FAAP20阻害剤として知られる化合物群には、FAAP20を直接標的とするわけではないが、FAAP20が関与するFA経路や関連するDNA修復過程に影響を及ぼす可能性のある化合物が含まれている。これらの化合物は多様であり、DNA損傷応答と修復の様々なステップに影響を及ぼす。例えば、マイトマイシンCやシスプラチンのような薬剤はDNAの架橋を誘導することによって機能し、DNA修復機構を圧倒する可能性があり、それによってFAAP20に関連した活動の効率を低下させる可能性がある。同様に、エトポシドやカンプトテシンのようなトポイソメラーゼ阻害剤は、FA経路を飽和させるDNA切断を引き起こし、この複雑なネットワークにおけるFAAP20の役割に影響を与える。
この化学クラスの他の化合物には、ヒドロキシ尿素やAphidicolinがあり、これらはDNA合成と複製酵素を標的とし、間接的にFA経路とFAAP20の機能に影響を与える複製ストレスを引き起こす。RAD51阻害剤であるB02は、FAAP20が役割を果たす修復プロセスである相同組換えを阻害する。トリコスタチンAは、クロマチン構造を改変することにより、FA経路の効率に影響を与える可能性がある。Nu7441のようなDNA-PKcs阻害剤とVE-821のようなATR阻害剤は、それぞれDNA二本鎖切断の修復と複製ストレス応答を阻害し、これらの経路におけるFAAP20の機能に影響を与える可能性がある。一方、PARP阻害剤であるオラパリブは、PARP1をDNA上に捕捉し、複製分枝の停止とそれに続く二本鎖切断を引き起こし、FAAP20が関与する経路を含むDNA修復機構の負担を増加させる。最後に、ミリンはDNA二本鎖切断の重要なセンサーであるMRE11-RAD50-NBS1複合体を阻害し、間接的にFA経路とFAAP20の機能を圧迫する可能性がある。
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