BAT1 Plasmide di attivazione CRISPR (h): sc-403785-ACT

DDX39B codifica BAT1, un’elicasi dell’RNA ATP-dipendente della famiglia DEAD-box che partecipa allo splicing del pre‑mRNA, all’esportazione dell’mRNA e, più in generale, al metabolismo dell’RNA nel nucleo. BAT1 è stata collegata alla regolazione della segnalazione infiammatoria attraverso la modulazione dell’espressione dei geni delle citochine e le interazioni con le vie dell’immunità innata, a riflesso del suo ruolo nel coordinare gli output trascrizionali con il processamento dell’RNA. In quanto gene localizzato nella regione MHC di classe III, DDX39B è stato studiato nel contesto della variabilità genetica associata al sistema immunitario e della suscettibilità a fenotipi infiammatori e autoimmuni. La deregolazione delle reti di processamento dell’RNA associate a BAT1 può influenzare programmi di stato cellulare come proliferazione e risposte allo stress, rendendolo rilevante per studi meccanicistici sul controllo dell’espressione genica.

BAT1 Il plasmide di attivazione CRISPR (h) fornisce un approccio mirato e non distruttivo per sovraregolare l'espressione endogena di DDX39B senza alterare la sequenza di DNA sottostante.

BAT1 Il plasmide di attivazione CRISPR (h) è un sistema SAM (mediatore di attivazione sinergico) a tre plasmidi progettato per la sovraregolazione trascrizionale altamente efficiente e sito-specifica del locus DDX39B nelle linee cellulari umane. Il sistema è costruito attorno a una Cas9 cataliticamente inattiva (dCas9) che porta due mutazioni inattivanti (D10A e N863A) che eliminano l'attività nucleasica preservando al contempo il legame con il DNA. Questa dCas9 è fusa con VP64, un potente attivatore trascrizionale, ed è coespressa con un gene di resistenza alla blasticidina per la selezione. Il secondo plasmide codifica la proteina di fusione MS2-p65-HSF1, un complesso attivatore secondario che agisce in sinergia con dCas9-VP64, insieme a un gene di resistenza all'igromicina. Il terzo plasmide codifica un sgRNA specifico per il bersaglio di 20 nt fuso a due aptameri di RNA MS2 che reclutano il complesso MS2-p65-HSF1 nel sito di attivazione, accompagnato da un gene di resistenza alla puromicina. I tre plasmidi vengono somministrati in un rapporto di massa 1:1:1 per un'espressione bilanciata di tutti i componenti del sistema.

Una volta assemblato nel locus bersaglio, il complesso SAM si lega a circa 200 bp a monte del sito di inizio della trascrizione DDX39B, dove VP64, p65 e HSF1 agiscono in modo concertato per reclutare il machinery trascrizionale e guidare la sovraregolazione dell'espressione endogena di BAT1. A differenza della Cas9 con attività nucleasica, dCas9 non introduce rotture a doppio filamento né modifica la sequenza genomica, preservando il locus DDX39B nativo e consentendo lo studio delle risposte trascrizionali dipendenti da BAT1 nel locus endogeno, rendendolo uno strumento prezioso per studi funzionali, l'identificazione di geni bersaglio e la modellizzazione del ripristino della via BAT1 nelle cellule tumorali con espressione di DDX39B silenziata o ridotta.

Solo per uso di ricerca. Non destinato a uso diagnostico o terapeutico.