Gli inibitori chimici della Ppat comprendono una varietà di composti che hanno come bersaglio diversi aspetti della biosintesi e del metabolismo dei nucleotidi, riducendo così indirettamente l'attività funzionale della Ppat. Il metotrexato, un noto inibitore della diidrofolato reduttasi, porta a una diminuzione dei livelli di nucleotidi purinici, che sono substrati cruciali per l'attività della Ppat nella sintesi degli acidi nucleici. Analogamente, l'acido micofenolico e la ribavirina inibiscono entrambi l'inosina monofosfato deidrogenasi, un enzima fondamentale per la produzione di nucleotidi di guanina, diminuendo così la disponibilità di substrati per l'azione della Ppat. Clofarabina e fludarabina hanno come bersaglio la ribonucleotide reduttasi, un enzima responsabile della riduzione dei ribonucleotidi a deossinucleotidi, essenziali per la sintesi del DNA e per i meccanismi di riparazione in cui è coinvolta la Ppat. Anche la cladribina e l'idrossiurea inibiscono la ribonucleotide reduttasi, ma attraverso interazioni molecolari diverse, tuttavia convergono sul risultato di ridurre i pool di deossinucleotidi trifosfati, influenzando indirettamente l'attività della Ppat.
La sostanza chimica tiazofurina riduce i livelli di NAD, un coenzima necessario per molte reazioni enzimatiche, comprese quelle a cui partecipa Ppat, inibendo così indirettamente l'enzima. Gli analoghi delle purine, come la 6-mercaptopurina e la 6-tioguanina, sono incorporati negli acidi nucleici e interrompono il metabolismo delle purine, che a sua volta riduce l'attività della Ppat limitando la disponibilità dei suoi substrati. L'aciclovir, una volta fosforilato nella sua forma attiva trifosfato, inibisce la DNA polimerasi, portando a una riduzione dei pool di nucleotidi e, di conseguenza, dell'attività della Ppat a causa della scarsità di substrati. Infine, la gemcitabina, un altro analogo nucleosidico, inibisce la ribonucleotide reduttasi, diminuendo così i pool di nucleotidi necessari alla Ppat per funzionare efficacemente nella biosintesi degli acidi nucleici. Ciascuna di queste sostanze chimiche, attraverso le loro distinte interazioni biochimiche, converge verso il risultato comune di ridurre i livelli e la disponibilità di nucleotidi, essenziali per l'attività della Ppat, determinandone infine l'inibizione funzionale.
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