Gli inibitori chimici della PDE6G agiscono sfruttando il ruolo della proteina nell'idrolisi del cGMP a 5'-GMP, una fase critica della fototrasduzione nel processo visivo. Il sildenafil, il vardenafil e il tadalafil sono inibitori selettivi della PDE5, una fosfodiesterasi strettamente correlata, e grazie alla somiglianza strutturale dei loro siti catalitici, possono anche legarsi alla PDE6G e inibirla. Questo legame impedisce alla PDE6G di svolgere la sua normale funzione di scissione del cGMP, con conseguente aumento dei livelli di questo nucleotide ciclico nell'ambiente cellulare. Zaprinast, con il suo profilo di inibizione selettiva per la PDE5 e la PDE6, inibisce direttamente la PDE6G, portando a risultati simili nell'accumulo di cGMP. Il dipiridamolo e la teofillina, in quanto inibitori non selettivi della fosfodiesterasi, aumentano i livelli di cGMP indirettamente, inibendo la sua degradazione e riducendo così l'attività della PDE6G a causa della minore disponibilità del suo substrato.
Continuando con questo tema della competizione tra substrati e dell'inibizione indiretta, il cilostazolo e l'anagrelide, attraverso l'inibizione della PDE3, possono causare un aumento dei livelli di cGMP. Questo aumento di cGMP può inibire la PDE6G occupando il sito attivo dell'enzima, impedendo di fatto l'idrolisi del suo substrato. L'Icariina e la Quercetina, sebbene non siano altrettanto selettive, funzionano in modo simile inibendo la PDE5 e altre PDE, aumentando di conseguenza la concentrazione di cGMP all'interno della cellula e determinando un'inibizione funzionale della PDE6G. La pentossifillina, con il suo ampio spettro di inibizione della PDE, aumenta sia i livelli di cAMP che di cGMP, con quest'ultimo che inibisce la PDE6G. Il milrinone, infine, inibisce selettivamente la PDE3, il che porta indirettamente a un aumento dei livelli di cGMP, e questo aumento di cGMP può inibire la PDE6G attraverso un meccanismo ad anello di feedback, in cui l'elevata concentrazione del substrato cGMP inibisce competitivamente la scomposizione del cGMP da parte della PDE6G.
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