Gli inibitori di HELZ, come Seliciclib e MG132, mirano rispettivamente al ciclo cellulare e alla degradazione proteasomica, determinando un'alterazione della stabilità e dell'abbondanza delle proteine che può avere effetti a valle sulla funzione proteica e sui meccanismi di regolazione cellulare. Gli inibitori della modificazione del DNA e degli istoni, come la 5-azacitidina e il Vorinostat, possono portare a cambiamenti nell'espressione genica alterando i marchi epigenetici, con conseguente modifica della sintesi proteica. Il loro impatto è ampio e influenza numerose proteine e vie cellulari. Gli inibitori delle chinasi, tra cui LY294002, Epigallocatechina gallato e SP600125, interrompono le vie di regolazione chiave che possono portare a cambiamenti nell'attività e nei livelli di molte proteine. In particolare, LY294002 e SP600125 colpiscono rispettivamente le vie PI3K/Akt e JNK, cruciali per la sopravvivenza cellulare e l'apoptosi.
La rapamicina, un inibitore di mTOR, sopprime specificamente il complesso mTORC1, con conseguente riduzione della sintesi proteica e impatto sulle proteine coinvolte nella crescita e nel metabolismo. Il bortezomib, un altro inibitore del proteasoma come l'MG132, impedisce la scomposizione delle proteine, influenzando così le proteine che regolano il ciclo cellulare e l'apoptosi. Nutlin-3, antagonizzando MDM2, stabilizza e attiva indirettamente p53, influenzando le proteine all'interno della via p53 che è centrale nella risposta cellulare allo stress e al danno al DNA.
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