Gli inibitori di HDAC2 sono un gruppo di composti che hanno come bersaglio l'enzima istone deacetilasi 2, un membro della famiglia delle istone deacetilasi (HDAC). Le istone deacetilasi sono coinvolte nella rimozione dei gruppi acetilici dai residui di lisina delle proteine istoniche, un'azione tipicamente associata alla condensazione della cromatina e alla repressione della trascrizione genica. HDAC2, in particolare, svolge un ruolo significativo nella modulazione dell'espressione genica attraverso la sua attività deacetilasica, che altera la struttura della cromatina e l'accessibilità dei fattori di trascrizione al DNA. Gli inibitori di HDAC2 sono progettati per legarsi al sito attivo dell'enzima, ostacolando così la sua attività deacetilasica. Questo blocco determina un aumento del livello di acetilazione degli istoni, che porta a una struttura cromatinica più aperta e trascrizionalmente attiva. La regolazione degli stati di acetilazione da parte degli inibitori di HDAC2 influisce sui modelli di espressione di più geni, rendendo questa classe di composti un punto focale di interesse nello studio dell'espressione e della regolazione genica.
Dal punto di vista chimico, gli inibitori di HDAC2 sono vari, comprendendo una gamma di strutture che vanno dagli acidi idrossamici ai peptidi ciclici e alle benzamidi, tra gli altri. Questi inibitori contengono tipicamente un gruppo legante lo zinco (ZBG) che interagisce con lo ione zinco nel sito attivo di HDAC2. Questa interazione è fondamentale per l'azione inibitoria di questi composti. Oltre allo ZBG, queste molecole possiedono spesso una catena linker e un gruppo cap, che contribuiscono entrambi all'affinità del composto per l'enzima e alla specificità per HDAC2 rispetto ad altri enzimi HDAC. Si ritiene che il gruppo cap interagisca con la superficie dell'enzima e possa conferire selettività sfruttando le differenze nei domini esterni dell'enzima. Il linker collega il gruppo cap allo ZBG ed è progettato per occupare lo spazio all'interno del sito attivo tubolare dell'enzima.
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