FBXO46 impiega vari meccanismi per migliorare la sua funzione modulando lo stato di fosforilazione della proteina. La forskolina è uno stimolatore diretto dell'adenilato ciclasi, che aumenta i livelli di cAMP all'interno della cellula, portando all'attivazione della protein chinasi A (PKA). La PKA può quindi fosforilare FBXO46, aumentando potenzialmente la sua attività di ubiquitinazione. Analogamente, l'IBMX, inibendo le fosfodiesterasi, sostiene livelli elevati di cAMP e quindi l'attività della PKA, promuovendo indirettamente la fosforilazione di FBXO46. La PGE2 opera attraverso recettori accoppiati a proteine G per aumentare i livelli di cAMP e attivare la PKA, che a sua volta può fosforilare FBXO46. L'epinefrina e l'isoproterenolo, entrambi agonisti adrenergici, innescano percorsi simili mediati dal cAMP, con conseguente attivazione della PKA, che può indirizzare FBXO46 per la fosforilazione.
Sebbene le vie mediate dal cAMP, altri attivatori agiscono attraverso meccanismi diversi. L'anisomicina, che inibisce la sintesi proteica, può attivare le chinasi proteiche attivate dallo stress, come JNK, che possono fosforilare direttamente FBXO46. L'acido okadaico e la caliculina A, in quanto inibitori delle fosfatasi proteiche PP1 e PP2A, impediscono la de-fosforilazione delle proteine, con conseguente possibile aumento o prolungamento della fosforilazione di FBXO46. Il dibutirril-cAMP, un analogo del cAMP, bypassa i recettori della superficie cellulare per attivare direttamente la PKA e quindi può portare alla fosforilazione di FBXO46. Rolipram e Zaprinast inibiscono specificamente la PDE4 e la PDE5, rispettivamente, determinando un accumulo di cAMP e la successiva attivazione della PKA, che può fosforilare FBXO46. Infine, Sp-8-Br-cAMPS, un analogo stabile del cAMP, attiva la PKA, che è in grado di fosforilare FBXO46, potenziando la sua attività all'interno delle vie di ubiquitinazione della cellula.
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