La classe chimica degli inibitori della catepsina A comprende un gruppo eterogeneo di composti che hanno come obiettivo principale le proteasi cisteiniche. Questi inibitori variano per specificità e modalità d'azione. Alcuni, come l'E-64 e lo Z-Phe-Phe-DMK, sono selettivi nei confronti delle proteasi cisteiniche e si legano covalentemente al sito attivo, determinando un'inibizione irreversibile. Altri, come la leupeptina, presentano una specificità più ampia, inibendo sia le serina che le cisteina-proteasi. Il meccanismo principale di questi inibitori prevede la formazione di un complesso stabile con la proteasi, impedendole così di interagire con i suoi substrati. Questa interazione può essere competitiva, come nel caso della cistatina, o non competitiva, come nel caso di inibitori irreversibili come E-64.
Alcuni di questi inibitori, pur non avendo come bersaglio diretto la catepsina A, possono influenzarne l'attività modulando vie correlate. Ad esempio, la Pepstatina A, un inibitore della proteasi aspartica, e la Nitroxolina, un antibiotico con attività inibitoria delle metalloproteasi, possono influenzare indirettamente la catepsina A alterando l'ambiente proteolitico all'interno della cellula. Allo stesso modo, la calpeptina, principalmente un inibitore della calpaina, può influire indirettamente sulla funzione della catepsina A a causa della natura interconnessa delle vie proteolitiche.
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