NELF-B Plasmide KO CRISPR/Cas9 (m): sc-437307

Panoramica

Nelfb codifica NELF-B, una subunità centrale del complesso del fattore di allungamento negativo (NELF), che regola la pausa prossimale al promotore della RNA polimerasi II e coordina la transizione verso un allungamento trascrizionale produttivo insieme a fattori quali DSIF e P-TEFb. Attraverso il suo ruolo nel controllo dell’allungamento, NELF-B modella programmi di rapida induzione genica, la comunicazione enhancer–promotore e le dinamiche trascrizionali associate alla cromatina durante lo sviluppo e le transizioni di stato cellulare nei sistemi murini. Un’alterata regolazione della pausa e dell’allungamento di Pol II è associata a reti di espressione deregolate osservate in biologia del cancro, fenotipi del neurosviluppo e segnalazione della risposta allo stress, rendendo Nelfb un nodo utile per analizzare i meccanismi di controllo trascrizionale. La funzione di NELF-B è quindi rilevante per studi sulla pausa trascrizionale, la regolazione dei geni immediate-early e i programmi di espressione su scala genomica misurati con RNA-seq, PRO-seq o saggi basati su ChIP.

NELF-B Il plasmide CRISPR/Cas9 KO (m) è un pool di plasmidi progettato per la distruzione mirata del gene Nelfb in mouse linee cellulari. Ogni plasmide del pool co-esprime un sgRNA unico, mirato a un sito distinto all'interno del locus Nelfb, insieme alla nucleasi Cas9 di Streptococcus pyogenes, e codifica per la GFP per consentire l'identificazione fluorescente e l'arricchimento delle cellule trasfettate con successo. Questa strategia multi-guida aumenta la probabilità di indurre spostamenti di lettura o delezioni che producono un knockout funzionale, offrendo un'alternativa più robusta agli approcci a guida singola. Le DSB indotte in più siti vengono risolte tramite giunzione non omologa (NHEJ) o, se utilizzate con il modello donatore HDR incluso, tramite riparazione diretta dall'omologia (HDR) in un sito bersaglio definito all'interno del locus.

Se utilizzato in combinazione con il donatore HDR che esprime RFP, la fluorescenza GFP e RFP può essere utilizzata insieme per distinguere le popolazioni cellulari trasfettate da quelle modificate, semplificando i flussi di lavoro di selezione e selezione dei cloni basati sulla citometria a flusso.

Donatore per riparazione diretta dall'omologia (HDR) — Cassetta puromicina con reporter RFP

Per applicazioni che richiedono cloni knockout confermati e selezionabili, il NELF-B Plasmide HDR (m) include un costrutto donatore HDR contenente una cassetta di resistenza alla puromicina (PuroR) e un reporter proteina fluorescente rossa (RFP), affiancati da bracci di omologia specifici per un sito bersaglio definito Nelfb.
Se cotrasfettato con il NELF-B Plasmide CRISPR/Cas9 KO (m):

• La cassetta PuroR-RFP si integra nel sito di taglio di Cas9 tramite HDR, interrompendo il frame di lettura aperto Nelfb.
  La fluorescenza RFP fornisce un indicatore visivo immediato dell'integrazione riuscita, consentendo l'identificazione o la selezione basata sulla fluorescenza delle cellule modificate prima o parallelamente alla selezione con puromicina.
  Le cellule modificate con successo vengono confermate attraverso la resistenza alla puromicina, riducendo sostanzialmente il carico di screening dei cloni.
  Questa strategia di selezione è ideale per generare linee cellulari KO clonali stabili per studi funzionali a valle, screening farmacologico o sviluppo di modelli.

Sistema di rimozione della cassetta Cre-lox

Il costrutto donatore HDR presenta siti loxP che fiancheggiano la cassetta di selezione PuroR-RFP per consentire la rimozione pulita del marcatore dopo la conferma del clone. L'espressione transiente della ricombinasi Cre tramite il vettore Cre incluso : sc-418923 elimina la cassetta, lasciando un sito loxP residuo minimo all'interno del locus Nelfb ed eliminando potenziali effetti confondenti sui saggi a valle.
Questo approccio in due fasi:

• Riduce al minimo la perturbazione dell'architettura cromatinica locale e degli elementi regolatori adiacenti
  Ripristina un contesto genomico quasi nativo nel locus modificato
  Consente il riutilizzo della strategia di selezione con puromicina nella stessa linea cellulare per ulteriori modifiche

Caratteristiche principali

• gRNA mirato agli esoni Nelfb critici per la funzione NELF-B
  Co-espressione di SpCas9 e sgRNA da un singolo plasmide per una somministrazione semplificata
  Donore HDR con resistenza alla puromicina per la selezione positiva dei cloni
  Cassetta PuroR fiancheggiata da loxP con vettore ricombinasi Cre per la rimozione senza soluzione di continuità del marcatore
  Fornito pronto all'uso per la somministrazione tramite trasfezione

Solo per uso di ricerca. Non destinato a uso diagnostico o terapeutico.