Les inhibiteurs chimiques du ZNF404 peuvent exercer leurs effets par le biais de diverses voies moléculaires qui font partie intégrante de la fonction de la protéine. Le dasatinib, par son inhibition des kinases de la famille Src, perturbe les événements de phosphorylation qui sont essentiels à l'activité du ZNF404. De même, l'AZD0530 et le PD173955 ciblent également ces kinases, réduisant ainsi les cascades de signalisation dont dépend ZNF404. Ce blocage des voies pilotées par les kinases empêche le ZNF404 de fonctionner de manière optimale. Le palbociclib agit en inhibant CDK4/6, des kinases qui influencent potentiellement les mécanismes du cycle cellulaire et de la prolifération que ZNF404 peut régir, empêchant ainsi ZNF404 d'exercer ses effets régulateurs.
Plus loin dans les voies de signalisation, la fonction de ZNF404 peut être entravée par des produits chimiques comme le PF-562271 et le Y-27632, qui inhibent respectivement les kinases FAK/Pyk2 et ROCK. Ces kinases sont impliquées dans la régulation de l'adhésion cellulaire, de la migration et de l'organisation du cytosquelette, des processus que ZNF404 peut aider à contrôler. L'obstruction de ces voies compromet les capacités de régulation de ZNF404. GDC-0941 et LY294002 ciblent PI3K, une kinase pivot dans la voie de signalisation PI3K/AKT, que ZNF404 peut utiliser. L'inhibition de cette voie limite l'activité des effecteurs en aval qui sont nécessaires à la fonction de ZNF404. U0126, SP600125 et SB203580 affectent les voies de signalisation MAPK en inhibant respectivement MEK1/2, JNK et p38 MAP kinase. Ces inhibiteurs contribuent collectivement à la réduction de l'activité des voies MAPK/ERK et JNK, qui sont des régulateurs potentiels de ZNF404.
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