Les inhibiteurs chimiques de WIPI-4 agissent par divers mécanismes pour perturber le processus autophagique à différents stades, en affectant la fonction de WIPI-4, qui joue un rôle critique dans la formation des autophagosomes. La wortmannine, la 3-méthyladénine, le LY294002 et le SAR405 inhibent directement les phosphoinositides 3-kinases (PI3K), qui sont essentielles au déclenchement de l'autophagie. L'inhibition des PI3K empêche la formation de PI3P, un phospholipide qui recrute WIPI-4 sur le site de formation des autophagosomes. Sans la fonction de recrutement et de localisation de WIPI-4, l'initiation et la nucléation des autophagosomes sont altérées. De même, la Spautine-1 perturbe l'autophagie en favorisant la dégradation des complexes PI3K de classe III, empêchant ainsi l'activation de WIPI-4.
Les inhibiteurs secondaires tels que la bafilomycine A1, la concanamycine A, la chloroquine, l'hydroxychloroquine et le Lys05 affectent la fonction de WIPI-4 en perturbant les étapes ultérieures de l'autophagie, en particulier la maturation des autophagosomes et la fusion avec les lysosomes. La Bafilomycine A1 et la Concanamycine A inhibent la V-ATPase responsable de l'acidification des autophagosomes, une étape critique pour la dégradation du contenu autophagosomal, qui est nécessaire au processus de recyclage dans lequel WIPI-4 est impliqué. La chloroquine et l'hydroxychloroquine inhibent la fusion entre les autophagosomes et les lysosomes, ce qui conduit à l'accumulation de vacuoles autophagiques non digérées, ce qui inhibe indirectement WIPI-4 en empêchant l'achèvement du cycle autophagique. Lys05, un dérivé plus puissant de la chloroquine, inhibe également la fusion autophagosome-lysosome, conduisant à des résultats similaires à ceux de la chloroquine et de l'hydroxychloroquine. Enfin, Torin 1 et MHY1485 affectent WIPI-4 en perturbant l'équilibre de l'autophagie. Torin 1, un inhibiteur de mTOR, induit l'autophagie et pourrait conduire à une formation excessive d'autophagosomes, tandis que MHY1485, un activateur de mTOR, perturbe le cycle normal et le renouvellement des autophagosomes. Ces deux perturbations peuvent perturber l'activité fonctionnelle de WIPI-4, qui est finement ajustée au flux autophagique au sein de la cellule.
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