Les inhibiteurs chimiques de l'uroplakine IIIb (UPIIIb) agissent par divers mécanismes biochimiques pour perturber l'activité de la protéine. La phlorétine agit sur l'UPIIIb en ciblant son processus de glycosylation, qui est essentiel au bon pliage et à la bonne fonction de l'UPIIIb. Lorsque la glycosylation est entravée, UPIIIb ne peut maintenir sa structure ou son rôle au sein de la membrane cellulaire. De même, le monensin, un ionophore, perturbe les gradients d'ions sodium, qui font partie intégrante des processus cellulaires, y compris le trafic et la localisation de l'UPIIIb. En modifiant les concentrations d'ions, la monensine peut entraver les mécanismes de transport essentiels à la fonctionnalité de l'UPIIIb. La filipine, quant à elle, se lie au cholestérol membranaire, un composant clé dans le maintien des radeaux lipidiques où UPIIIb est localisé. En interagissant avec le cholestérol, la filipine peut perturber ces microdomaines et donc l'activité d'UPIIIb.
De plus, l'acide okadaïque inhibe les protéines phosphatases telles que PP1 et PP2A, qui sont responsables de la déphosphorylation des protéines, une étape critique pour la régulation fonctionnelle de UPIIIb. L'inhibition de ces enzymes peut donc entraîner une réduction de l'activité de l'UPIIIb. La calphostine C et le bisindolylmaleimide I inhibent spécifiquement la protéine kinase C (PKC), essentielle pour les événements de phosphorylation qui régulent les voies de signalisation de l'UPIIIb. L'inhibition de la PKC par ces composés entraîne une diminution de l'activité de l'UPIIIb. De même, le chlorhydrate de W-7 inhibe la calmoduline, qui est impliquée dans les voies de signalisation du calcium qui régulent la fonction de l'UPIIIb. Le KT5720, un inhibiteur de la protéine kinase A (PKA), et le Gö 6983, un inhibiteur pan-PKC, perturbent la phosphorylation des protéines dans les voies de signalisation de l'UPIIIb, altérant ainsi l'activité de l'UPIIIb. Enfin, PD 98059 et LY294002 ciblent des kinases spécifiques telles que MEK et PI3K, respectivement, qui sont des régulateurs en amont des voies dans lesquelles UPIIIb peut être impliqué. En inhibant ces kinases, les composés peuvent entraîner une régulation à la baisse de l'activité d'UPIIIb dans la cellule.
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