Les inhibiteurs chimiques de TSPAN11 agissent par divers mécanismes pour perturber son activité au sein des membranes cellulaires. Le GW4869, en ciblant la sphingomyélinase, empêche la formation de céramide, un lipide essentiel dans la composition des microdomaines enrichis en tétraspanine où TSPAN11 est actif. L'absence de céramide peut désorganiser ces microdomaines et entraver la fonction de TSPAN11 dans ces structures. La manumycine A, quant à elle, inhibe la farnésyltransférase, une enzyme responsable de la modification post-traductionnelle des protéines avec lesquelles TSPAN11 interagit. Cette inhibition empêche la farnésylation nécessaire à la bonne localisation et au transport de TSPAN11, affectant ainsi sa fonction. De même, le D609 perturbe l'activité de TSPAN11 en inhibant la phospholipase C spécifique de la phosphatidylcholine, qui est essentielle à la production de diacylglycérol, une molécule qui fait partie intégrante de la dynamique membranaire et de la fonction de TSPAN11.
La perifosine interfère avec TSPAN11 en inhibant la signalisation Akt, une voie qui aide à réguler la localisation et la fonction de TSPAN11 dans les membranes cellulaires. L'imipramine, un large inhibiteur de la sphingomyélinase acide, inhibe également la formation de céramides, qui est cruciale pour l'association de TSPAN11 avec les radeaux lipidiques, affectant ainsi sa fonction. La progestérone, par son interaction avec les récepteurs sigma-1 qui s'associent à TSPAN11, peut perturber les interactions fonctionnelles de TSPAN11. L'U73122, en inhibant la phospholipase C, peut perturber les voies de transduction du signal impliquant TSPAN11. La méthyl-β-cyclodextrine et la filipine III ciblent toutes deux le cholestérol dans les membranes cellulaires, en l'extrayant ou en s'y liant respectivement, ce qui perturbe les radeaux lipidiques où TSPAN11 opère, entraînant une inhibition fonctionnelle. La génistéine, en tant qu'inhibiteur de la tyrosine kinase, perturbe les voies de signalisation qui régulent TSPAN11. La monensine modifie les gradients ioniques intracellulaires, influençant le trafic et la fonction de TSPAN11. Enfin, la nystatine, comme la méthyl-β-cyclodextrine et la filipine III, se lie au cholestérol et perturbe les radeaux lipidiques, inhibant ainsi le rôle de TSPAN11 au sein de ces microdomaines membranaires.
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