Les inhibiteurs chimiques de TRIM64B peuvent interférer avec la fonction de la protéine de différentes manières, principalement en ciblant les voies de dégradation protéasomale et lysosomale. Les inhibiteurs du protéasome tels que le MG132, la Lactacystine, l'Epoxomicine, le Bortezomib et la Withaferin A empêchent le protéasome de dégrader les protéines ubiquitinées. Comme on pense que TRIM64B est impliqué dans le marquage des protéines pour la dégradation, l'accumulation de ces protéines due à l'inhibition du protéasome peut conduire à une inhibition de la fonction de TRIM64B. En effet, le cycle normal de marquage et de dégradation dont TRIM64B fait partie est perturbé, ce qui entraîne une accumulation de protéines qui seraient autrement dégradées.
D'autres composés, comme le MLN4924, perturbent des processus qui se situent en amont du rôle de TRIM64B dans le renouvellement des protéines. Le MLN4924 inhibe l'enzyme activatrice NEDD8, affectant ainsi potentiellement TRIM64B de manière indirecte en modifiant la régulation des cullin-RING ubiquitin ligases (CRL) qui pourraient être nécessaires à la fonction de TRIM64B. Les perturbateurs de la fonction lysosomale tels que la chloroquine, la concanamycine A, la leupeptine et la pepsatine A entravent différents aspects de la voie de dégradation lysosomale. La chloroquine et la concanamycine A perturbent l'acidification des lysosomes, tandis que la leupeptine et la pepsatine A inhibent les protéases lysosomales. La fonction lysosomale étant cruciale pour la dégradation des composants cellulaires, l'inhibition des lysosomes peut entraîner une inhibition de TRIM64B s'il dépend de cette voie. Enfin, l'O-phénanthroline perturbe l'activité des métalloprotéases, ce qui pourrait inhiber TRIM64B si sa fonction dépend de processus médiés par les métalloprotéases. L'eeyarestatin I inhibe spécifiquement les composants de la voie de dégradation associée au RE, ce qui pourrait affecter TRIM64B s'il est impliqué dans ce mécanisme cellulaire.
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