Les inhibiteurs chimiques de TRIM64 peuvent interférer avec sa fonction dans diverses voies biochimiques en inhibant les processus de dégradation qu'il peut réguler. Le MG132, la lactacystine, le bortézomib et l'époxomicine sont des composés qui inhibent directement le protéasome, un complexe responsable de la dégradation des protéines ubiquitinées. TRIM64, qui marque les protéines pour les dégrader, s'appuie sur le protéasome pour exécuter le renouvellement de ces protéines. Le MG132 inhibe les activités de dégradation du protéasome, ce qui entraîne l'accumulation de protéines ubiquitinées, et donc l'inhibition de TRIM64. Lactacystine se lie de manière irréversible aux sous-unités protéasomiques, inhibant ainsi directement l'activité du protéasome et, par extension, la fonction de TRIM64 dans la dégradation des protéines. Le bortézomib cible sélectivement le protéasome 26S, empêchant la dégradation des protéines ubiquitinées et inhibant par conséquent le rôle de TRIM64 dans ce processus. De même, l'époxomicine inhibe sélectivement l'activité de type chymotrypsine du protéasome, ce qui empêcherait la dégradation des protéines marquées par TRIM64, inhibant ainsi sa fonction.
D'autres inhibiteurs comme la chloroquine et la bafilomycine A1 perturbent la fonction lysosomale, qui est une autre voie de dégradation des protéines que TRIM64 peut utiliser. La chloroquine augmente le pH lysosomal, perturbant les voies de dégradation dépendant du lysosome, tandis que la bafilomycine A1 et la concanamycine A inhibent la H+-ATPase de type vacuolaire, entraînant un dysfonctionnement de l'acidification lysosomale. Ces deux mécanismes peuvent conduire à l'inhibition du rôle de TRIM64 dans la dégradation lysosomale. Les inhibiteurs de protéase tels que l'E64 et la leupeptine jouent également un rôle dans l'inhibition de TRIM64 en ciblant les protéases à cystéine et à sérine, éventuellement nécessaires à la fonction de TRIM64 ou au traitement de ses substrats. La 3-Méthyladénine inhibe l'autophagie en bloquant la formation des autophagosomes, ce qui pourrait également inhiber les voies autophagiques impliquant TRIM64. Enfin, l'ALLN et le Z-VAD-FMK inhibent respectivement les calpaïnes et les caspases. L'ALLN inhibe les calpaïnes, ce qui pourrait empêcher le traitement protéolytique nécessaire à l'activité de TRIM64, tandis que Z-VAD-FMK inhibe les caspases, ce qui pourrait perturber les voies liées à l'apoptose dans lesquelles TRIM64 pourrait jouer un rôle.
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