Les inhibiteurs chimiques de TMEM216 peuvent agir par différents mécanismes pour perturber sa fonction, principalement autour du rôle de TMEM216 dans la ciliogenèse et le maintien des cils primaires. La cyclopamine et la jervine sont des alcaloïdes stéroïdiens qui inhibent la voie de signalisation Hedgehog, essentielle à la formation et au fonctionnement des cils primaires, inhibant ainsi indirectement TMEM216. De même, SANT-1 cible également la voie de signalisation Hedgehog en inhibant directement Smoothened, un composant essentiel de cette voie, ce qui a un effet en aval sur le bon fonctionnement de TMEM216. La purmorphamine, bien qu'elle soit typiquement un activateur de la voie Hedgehog, peut indirectement conduire à l'inhibition de TMEM216 lorsque les éléments en aval de la voie sont bloqués, ce qui entraîne une accumulation d'intermédiaires qui interfèrent avec la formation des cils primaires impliquant TMEM216.
D'autres produits chimiques interfèrent avec des processus cellulaires qui sont cruciaux pour la localisation et la fonction correctes de TMEM216 dans les cils. Par exemple, la forskoline augmente les niveaux d'AMPc, ce qui peut conduire à des altérations de l'assemblage ou de la fonction ciliaire, affectant ainsi indirectement TMEM216. La ciliobrévine D cible spécifiquement la dynéine, une protéine motrice nécessaire à la fonction ciliaire, et son inhibition peut compromettre le rôle de TMEM216 dans le transport ciliaire. De la même manière, la Brefeldine A perturbe le trafic vésiculaire et la fonction de l'appareil de Golgi, qui sont essentiels pour le trafic du TMEM216 vers les cils. L'intégrité des microtubules, cruciale pour la ciliogenèse, est ciblée par le mébendazole et le nocodazole, qui déstabilisent ou dépolymérisent les microtubules, respectivement, inhibant ainsi indirectement la fonction du TMEM216. L'azadirachtine affecte également la dynamique des microtubules, inhibant ainsi indirectement le TMEM216 en impactant l'infrastructure cellulaire nécessaire à son rôle dans les cils. Enfin, les inhibiteurs du cycle cellulaire comme la roscovitine et l'alsterpaullone perturbent la chronologie et la formation des cils primaires, qui sont des processus dans lesquels TMEM216 est impliqué, ce qui conduit à une inhibition indirecte de sa fonction ciliaire.
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