La PMA est connue pour son rôle dans l'activation de la protéine kinase C, qui déclenche une cascade d'événements de phosphorylation susceptibles d'affecter le TMEM104. La forskoline, en augmentant l'activité de l'adénylyl cyclase, accroît les niveaux d'AMPc, activant ainsi la PKA qui peut modifier le paysage de la phosphorylation dans la cellule, ce qui a un impact sur des protéines telles que le TMEM104. L'ionomycine, par son action en tant qu'ionophore calcique, peut modifier considérablement les concentrations intracellulaires de calcium, influençant les voies de signalisation dépendantes du calcium qui pourraient se croiser avec les mécanismes de régulation du TMEM104. Des composés tels que l'agoniste Wnt 1 stimulent la voie Wnt, qui joue un rôle central dans la croissance cellulaire, ce qui pourrait avoir des ramifications indirectes sur la fonction du TMEM104. LY294002 et U0126, en inhibant PI3K et MEK respectivement, offrent une possibilité de moduler les voies qui sont essentielles à la survie et à la prolifération des cellules, ce qui pourrait modifier l'activité du TMEM104.
Le paysage chimique susceptible de moduler le TMEM104 est encore plus diversifié avec l'inclusion d'inhibiteurs de la kinase du récepteur du TGF-β comme le SB431542, qui modifie la voie de signalisation du TGF-β, et le SP600125, un inhibiteur de la JNK, qui modifie les voies de signalisation de la réponse au stress. L'inhibition de la mTOR par la rapamycine constitue également une voie importante pour la modulation indirecte du TMEM104, étant donné le rôle central de la mTOR dans la régulation de la croissance et du métabolisme cellulaires. Le dibutyryl-cAMP, un analogue de l'AMPc, et le Y-27632, un inhibiteur de ROCK, représentent des mécanismes supplémentaires par lesquels la signalisation intracellulaire peut être modulée, affectant ainsi l'activité du TMEM104.
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