Les inhibiteurs chimiques du facteur associé à la protéine de liaison à la boîte de TATA (TBP), 18kDa (TAFII-18) peuvent perturber la fonction de la protéine par divers mécanismes. La trichostatine A, un inhibiteur d'HDAC, peut conduire à un état d'hyperacétylation des histones, qui à son tour peut empêcher TAFII-18 de s'assembler correctement dans le complexe du facteur de transcription en raison d'une structure altérée de la chromatine. De même, I-CBP112 et SGC-CBP30 peuvent inhiber les protéines à bromodomaine de la famille BET, ce qui peut modifier la structure de la chromatine et le recrutement de TAFII-18 sur les sites de début de transcription en perturbant l'interaction avec les lysines acétylées sur les queues d'histones. JQ1, un autre inhibiteur de la bromodomaine BET, peut se lier de manière compétitive à la poche de reconnaissance de l'acétyl-lysine des bromodomaines BET, perturbant ainsi le recrutement et la fonction de TAFII-18 au sein du complexe de transcription.
En outre, le triptolide peut inhiber l'activité de XPB, une sous-unité du facteur de transcription TFIIH, qui fait partie intégrante de l'initiation de la transcription, réduisant ainsi l'incorporation fonctionnelle de TAFII-18 dans le complexe de pré-initiation. Le pladiénolide B peut se lier au complexe SF3b du spliceosome, réduisant indirectement la présence fonctionnelle de TAFII-18 en influençant le traitement post-transcriptionnel des ARNm qui codent pour des composants du complexe TAF. Le selinexor, un inhibiteur de XPO1, peut modifier l'exportation nucléaire des protéines et des espèces d'ARN, ce qui affecte la localisation subcellulaire et la disponibilité de TAFII-18. Les inhibiteurs de la kinase cycline-dépendante tels que le Flavopiridol, le THZ1 et le Dinaciclib peuvent empêcher les événements de phosphorylation nécessaires au bon fonctionnement et au recrutement du TAFII-18 dans le complexe d'initiation de la transcription. L'inhibiteur de la CK2 CX-4945 peut perturber les interactions protéine-protéine au sein de la machinerie transcriptionnelle, ce qui a un impact sur la fonction de TAFII-18 dans le complexe de transcription. Enfin, le silvestrol, un inhibiteur de l'eIF4A, peut perturber l'initiation de la traduction, réduisant indirectement la synthèse de coactivateurs transcriptionnels spécifiques nécessaires à la fonction de TAFII-18. Chacun de ces inhibiteurs peut conduire à l'inhibition fonctionnelle de TAFII-18 en ciblant différents aspects de son rôle dans le processus d'initiation de la transcription.
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