Les inhibiteurs chimiques de Ptpn23 peuvent cibler diverses kinases et voies de signalisation qui sont indirectement impliquées dans le rôle fonctionnel de la protéine dans la déphosphorylation. La staurosporine, un inhibiteur connu des protéines kinases, peut inhiber les kinases responsables de la phosphorylation des substrats sur lesquels la Ptpn23 peut agir, réduisant ainsi le pool cellulaire de protéines phosphorylées disponibles pour la déphosphorylation de la Ptpn23. De même, le Bisindolylmaleimide I inhibe la protéine kinase C, ce qui entraîne une diminution de la phosphorylation des substrats et, par conséquent, un engagement moindre de la Ptpn23 dans les voies de transduction du signal. Le LY294002 et la Wortmannine, deux inhibiteurs de la phosphoinositide 3-kinase, peuvent diminuer la production de phosphatidylinositol (3,4,5)-trisphosphate (PIP3) et l'activation de l'AKT, ce qui entraîne une réduction de la phosphorylation des protéines médiée par l'AKT, qui pourrait être ciblée par Ptpn23 pour la déphosphorylation. PP2, un inhibiteur de kinases de la famille Src, et Dasatinib, un inhibiteur de tyrosine kinase à large spectre, peuvent diminuer les niveaux de phosphorylation des résidus tyrosine sur diverses protéines, réduisant ainsi l'interaction entre ces substrats et Ptpn23.
Outre ces inhibiteurs de kinases, plusieurs produits chimiques ciblent des composants spécifiques de la voie de signalisation MAPK. U0126 et PD98059 sont tous deux des inhibiteurs de MEK, qui peuvent réduire l'activation de ERK et par conséquent limiter la phosphorylation des substrats de ERK, potentiellement ceux déphosphorylés par Ptpn23. Le SB203580, un inhibiteur de la MAP kinase p38, et le SP600125, un inhibiteur de la JNK, agissent de manière similaire en inhibant la phosphorylation de protéines impliquées dans la réponse au stress et d'autres processus cellulaires, qui pourraient autrement interagir avec Ptpn23. Le triptolide, un inhibiteur de facteurs de transcription, peut entraîner une réduction des niveaux de protéines qui nécessitent une déphosphorylation par Ptpn23, affectant ainsi le rôle fonctionnel de Ptpn23 en limitant la disponibilité de ses substrats. Enfin, le Gefitinib, un inhibiteur de l'EGFR, peut freiner les événements de phosphorylation en aval déclenchés par l'activation de l'EGFR, réduisant ainsi le pool de protéines que Ptpn23 peut déphosphoryler dans la cascade de transduction du signal. Chaque produit chimique, en influençant des kinases ou des voies spécifiques, peut modifier le paysage des substrats et le rôle fonctionnel de Ptpn23 dans les réseaux de signalisation cellulaire.
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