L'activation de la PCDHB13 est facilitée par une série de composés chimiques qui modulent diverses voies de signalisation, entraînant une augmentation de son activité fonctionnelle. Les composés qui augmentent les niveaux intracellulaires d'AMP cyclique (AMPc) le font en stimulant directement l'enzyme adénylyl cyclase ou en inhibant l'action des phosphodiestérases, qui sont responsables de la dégradation de l'AMPc. Les niveaux élevés d'AMPc activent la protéine kinase A et d'autres protéines dépendantes de l'AMPc, amplifiant les cascades de signalisation qui renforcent finalement l'activité de la PCDHB13. En outre, certains composés imitent l'action de l'AMPc en activant directement ces voies, sans passer par la synthèse d'AMPc médiée par les récepteurs. Les agonistes des récepteurs adrénergiques jouent également un rôle dans cette régulation; en se liant à ces récepteurs, ils déclenchent la production d'AMPc, potentialisant davantage les voies de signalisation qui conduisent à l'activation de la PCDHB13.
En outre, l'activité de la PCDHB13 peut être modulée par des composés qui influencent les niveaux de calcium intracellulaire. Les ionophores calciques, par exemple, augmentent directement la concentration cytosolique de calcium, un second messager essentiel qui peut activer les voies de signalisation dépendantes du calcium liées à la PCDHB13. Les agonistes des canaux calciques de type L contribuent également à cet effet en facilitant l'afflux de calcium. De même, l'activation de certains canaux TRP (transient receptor potential) par des agonistes spécifiques entraîne l'entrée de calcium dans la cellule, ce qui active ensuite la PCDHB13.
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