Les inhibiteurs chimiques de la PAPD4 comprennent une variété de composés qui empêchent sa fonction enzymatique d'ajouter des queues poly(A) à l'ARN. La cordycépine, ou 3'-déoxyadénosine, imite la structure de l'adénosine et s'incorpore dans la chaîne d'ARN pendant la polyadénylation. Une fois incorporée, elle met fin prématurément au processus, inhibant ainsi directement l'activité de la PAPD4. Le flavopiridol, un inhibiteur bien connu des kinases cycline-dépendantes, pourrait indirectement interférer avec la PAPD4 en modulant l'environnement transcriptionnel. Cette modification pourrait réduire l'efficacité ou l'occurrence de la polyadénylation.
D'autres inhibitions indirectes peuvent provenir de produits chimiques affectant la transcription et le traitement de l'ARN. L'alpha-amanitine inhibe spécifiquement l'ARN polymérase II, diminuant ainsi le pool de nouvel ARN qui pourrait être soumis à la polyadénylation par la PAPD4. De même, l'actinomycine D et l'ellipticine s'intercalent dans l'ADN, empêchant la synthèse de l'ARN et inhibant donc indirectement la PAPD4 en réduisant la disponibilité des substrats. La leptomycine B, en inhibant l'exportation nucléaire, peut provoquer une accumulation de protéines liant l'ARN dans le noyau, ce qui pourrait perturber les processus nécessaires à la fonction de la PAPD4. Le DRB et le Triptolide, par leur inhibition de l'élongation transcriptionnelle, entraînent une diminution de la synthèse des substrats de l'ARN pour la PAPD4, ce qui inhibe indirectement son activité. La roscovitine, un autre inhibiteur de CDK, pourrait entraver l'action de PAPD4 en modifiant l'état de phosphorylation des protéines impliquées dans le processus de polyadénylation. Enfin, le BX-795 inhibe la PDK1, ce qui pourrait affecter la phosphorylation des cibles en aval et, par conséquent, les activités de traitement de l'ARN impliquant la PAPD4. Chacun de ces produits chimiques, par le biais de ses mécanismes respectifs, contribue à l'inhibition de PAPD4, soulignant l'interaction complexe entre la transcription, le traitement de l'ARN et la polyadénylation.
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