Les inhibiteurs chimiques de la NUDT6 peuvent exercer leurs effets inhibiteurs fonctionnels en interférant avec diverses voies de signalisation cellulaire dans lesquelles la NUDT6 est impliquée. La suramine, un inhibiteur de récepteur de facteur de croissance, entrave la fonction des récepteurs FGF, auxquels NUDT6 est associée par sa régulation ARN anti-sens du FGF-2. Cette perturbation peut entraîner une diminution de la signalisation du FGF-2, inhibant ainsi les fonctions physiologiques de NUDT6. De même, PD173074, un inhibiteur sélectif du FGFR, cible directement le FGFR, entraînant une réduction en aval des processus médiés par le FGF-2, qui inhibe à son tour l'activité de NUDT6. LY294002 et Wortmannin, deux inhibiteurs de PI3K, peuvent arrêter la voie PI3K/AKT, qui est en aval de la signalisation du FGF-2. Comme NUDT6 est potentiellement impliqué dans cette voie, une telle inhibition peut supprimer sa fonction. En outre, U0126 et PD0325901, en tant qu'inhibiteurs de MEK1/2, perturbent la voie MAPK/ERK, ce qui entraîne l'inhibition de NUDT6 en raison de son implication putative dans cette voie. SP600125 et SB203580, qui ciblent respectivement JNK et p38 MAPK, peuvent également inhiber la voie MAPK et donc la fonction de NUDT6.
En outre, la dorsomorphine, en inhibant la signalisation BMP, peut indirectement entraver l'activité de NUDT6, ce qui laisse supposer que NUDT6 agit dans ces voies. La rapamycine, un inhibiteur de mTOR, peut supprimer les signaux de croissance et de prolifération cellulaires qui sont en aval du FGF-2, que la NUDT6 peut réguler, ce qui conduit à son inhibition fonctionnelle. L'inhibiteur de ROCK Y-27632 peut modifier l'organisation du cytosquelette d'actine, un processus qui peut être influencé par la signalisation du FGF-2. Cette altération peut restreindre les fonctions cellulaires dans lesquelles NUDT6 est impliqué. Le ZM 447439, un inhibiteur de la kinase Aurora, affecte le cycle cellulaire et la mitose, qui sont des événements cellulaires où la NUDT6 pourrait jouer un rôle par l'intermédiaire de la voie de signalisation du FGF-2, ce qui conduit à l'inhibition de la NUDT6..
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