Les inhibiteurs chimiques de NEEP21 peuvent fonctionner selon différents mécanismes en perturbant les voies cellulaires essentielles à son activité. La bafilomycine A1, par exemple, cible sélectivement la H+-ATPase de type vacuolaire, qui est essentielle au maintien de l'environnement acide nécessaire au tri endosomal, un processus dans lequel NEEP21 est activement impliqué. En bloquant l'acidification des endosomes, la Bafilomycine A1 inhibe indirectement l'activité fonctionnelle de NEEP21, qui dépend d'un gradient de pH adéquat pour jouer son rôle dans le trafic. De même, la monensine, un ionophore, modifie le pH à l'intérieur des lysosomes et des endosomes, perturbant ainsi les mécanismes de tri et de trafic dépendant du pH dans lesquels NEEP21 joue un rôle. La chlorpromazine interrompt l'endocytose médiée par la clathrine, une voie cruciale pour l'internalisation des molécules et le tri endosomal ultérieur, inhibant ainsi indirectement NEEP21 en empêchant la formation de vésicules recouvertes de clathrine.
En outre, Dynasore et Pitstop 2 entravent également les voies d'endocytose en inhibant respectivement la dynamine et l'endocytose médiée par la clathrine, qui sont essentielles à la scission et à la formation des vésicules. La fonction de NEEP21 est indirectement inhibée puisqu'elle dépend du bon fonctionnement de ces processus. Le nocodazole et la cytochalasine D ciblent le cytosquelette, le nocodazole désassemblant les microtubules et la cytochalasine D inhibant la polymérisation de l'actine. La perturbation du cytosquelette empêche le trafic intracellulaire dont NEEP21 a besoin pour fonctionner correctement. La latrunculine B ajoute à cela en se liant aux monomères d'actine, empêchant encore plus la polymérisation et donc la dynamique nécessaire au mouvement des vésicules associées à NEEP21. L'endosidine 2, en perturbant le trafic endosomal, et la filipine III, en se liant au cholestérol et donc en perturbant les radeaux lipidiques, peuvent toutes deux entraîner l'inhibition fonctionnelle de NEEP21 par leurs effets sur la stabilité et l'organisation des membranes et des vésicules cellulaires. Enfin, la tyrphostine A23 et l'EIPA (5-(N-Ethyl-N-isopropyl) amiloride) inhibent respectivement les processus qui contribuent à l'endocytose et au maintien des gradients de pH, qui sont tous deux essentiels au tri endosomal et au trafic de NEEP21. En modifiant la phosphorylation de la tyrosine et en inhibant l'échange Na+/H+, ces substances chimiques perturbent l'environnement cellulaire et les processus fonctionnels dont NEEP21 a besoin pour fonctionner.
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