Les inhibiteurs de NAALADL1 constituent un groupe diversifié de composés qui peuvent influencer l'activité de la protéine N-acétylée alpha-linked acidic dipeptidase-like 1 par le biais de divers mécanismes intracellulaires. Le fluorocitrate, un inhibiteur de l'aconitase, une enzyme du cycle de l'acide tricarboxylique, pourrait entraîner une réduction des niveaux d'ATP, qui sont cruciaux pour les fonctions dépendantes de l'énergie de NAALADL1. L'oxyde de phénylarsine, en se liant aux thiols vicinaux, peut inhiber diverses phosphatases, ce qui pourrait affecter les états de phosphorylation et donc l'activité de NAALADL1. La bafilomycine A1, un inhibiteur bien connu de la V-ATPase, perturbe l'acidification des lysosomes et pourrait influencer la dégradation de NAALADL1 ou de ses substrats en fonction des lysosomes. De même, la monensine, par son action d'ionophore qui perturbe l'échange Na+/H+, pourrait indirectement moduler le pH intracellulaire, influençant ainsi l'activité de NAALADL1.
Les effets des inhibiteurs susmentionnés sur NAALADL1 sont reflétés par d'autres composés qui ciblent des composants cellulaires distincts. La manumycine A, en tant qu'inhibiteur de la farnésyltransférase, peut empêcher la localisation correcte de la protéine, affectant potentiellement la distribution subcellulaire de NAALADL1. L'U18666A, connu pour induire une accumulation de cholestérol, pourrait perturber les microdomaines membranaires essentiels au bon fonctionnement de NAALADL1. Le GW4869 agit en modifiant la composition des radeaux lipidiques, ce qui pourrait influencer l'activité des protéines associées à la membrane comme NAALADL1. La modulation de l'activité kinase par la génistéine pourrait entraîner une modification des états de régulation de NAALADL1. La forskoline, par l'augmentation de l'AMPc, pourrait affecter l'activité de la protéine kinase A, qui à son tour pourrait influencer l'état fonctionnel de NAALADL1.
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