Les inhibiteurs chimiques de Ly-6D peuvent agir par différentes voies moléculaires pour parvenir à une inhibition fonctionnelle de cette protéine. Le phorbol 12-myristate 13-acétate (PMA) et la staurosporine agissent par la modulation de la protéine kinase C (PKC). La staurosporine, en inhibant la PKC, empêche la phosphorylation et l'activation subséquente de Ly-6D. La génistéine, un inhibiteur de la tyrosine kinase, et le dasatinib, un inhibiteur de la kinase de la famille Src, empêchent tous deux la phosphorylation nécessaire à l'activité de Ly-6D; leur action conduit donc à son inhibition fonctionnelle. Le LY294002 et la Wortmannine, tous deux inhibiteurs de PI3K, suppriment la voie PI3K/Akt qui peut réguler l'activité de la Ly-6D, ce qui entraîne une diminution de la fonction de la protéine.
En outre, U0126 et PD98059, deux inhibiteurs de MEK, réduisent l'activation de la voie ERK, qui pourrait être nécessaire à l'activité fonctionnelle de Ly-6D. Le SB203580 cible la voie MAPK p38 et le SP600125 inhibe la voie JNK, qui font toutes deux partie de la cascade de signalisation MAPK; l'inhibition de ces voies peut entraîner une diminution de l'activité de Ly-6D. Le rôle de la rapamycine en tant qu'inhibiteur de mTOR affecte également la voie PI3K/Akt, contribuant ainsi à l'inhibition fonctionnelle de Ly-6D en empêchant la signalisation nécessaire en aval. PP2, un autre inhibiteur de tyrosine kinase de la famille Src, réduit les événements de phosphorylation médiés par la kinase Src qui sont potentiellement cruciaux pour l'activité de Ly-6D.
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