La forskoline, un diterpène, augmente les concentrations intracellulaires d'AMP cyclique (AMPc) en activant l'adénylyl cyclase, ouvrant ainsi la voie à une activité accrue de la protéine kinase A (PKA). La PKA, à son tour, peut phosphoryler une myriade de protéines, modifiant potentiellement leur fonction et leur régulation. L'Ionomycine, un ionophore, augmente les niveaux de calcium intracellulaire, ce qui peut déclencher l'activation des kinases dépendantes de la calmoduline, influençant les protéines sensibles à la signalisation calcique. Les esters de phorbol comme le PMA sont de puissants activateurs de la protéine kinase C (PKC), dont les membres phosphorylent une large gamme de substrats, modifiant ainsi leur activité. Des inhibiteurs tels que SB203580 et U0126 ciblent sélectivement des kinases telles que p38 MAPK et MEK, respectivement. Ces inhibiteurs peuvent indirectement affecter l'activité des protéines en empêchant leur phosphorylation, modifiant ainsi les voies de signalisation auxquelles elles participent.
Les inhibiteurs de PI3K, LY294002 et Wortmannin, montrent comment l'inhibition des molécules de signalisation en amont peut entraîner des modifications de l'activité des protéines en aval. En inhibant la PI3K, ces composés modulent indirectement la voie PI3K/AKT, un axe de signalisation central impliqué dans la régulation de nombreuses protéines. L'inhibition de mTOR par la rapamycine illustre l'importance des kinases régulatrices clés dans le contrôle de la synthèse et de l'activité des protéines. Ce composé, en inhibant la mTOR, peut affecter la voie de signalisation de la mTOR, influençant ainsi l'activité des protéines. De petites molécules comme le 2-APB modulent la libération de calcium intracellulaire, ce qui, à l'instar de l'ionomycine, peut avoir un effet profond sur les protéines associées à la signalisation calcique.
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