L'A-769662 et le Rolipram exercent leur influence en modulant respectivement l'AMPK et la PDE4, tous deux impliqués dans la régulation de l'AMPc, un second messager ayant de larges implications sur la fonction des protéines. Le SB 216763 et l'inhibiteur IX de la GSK-3 peuvent affecter la voie de signalisation Wnt/β-caténine en agissant sur la GSK-3β, influençant ainsi l'activité des protéines impliquées dans la croissance et la différenciation cellulaires. L'inhibition de ROCK par Y-27632 peut avoir un impact sur les protéines associées au cytosquelette et à la motilité cellulaire, tandis que le ciblage des histones méthyltransférases par BIX 01294 peut modifier les profils d'expression génique, affectant indirectement les niveaux de protéines. Le PD0325901 et la puérarine peuvent moduler les voies de signalisation MAPK/ERK et PI3K/Akt respectivement, influençant la fonction d'une variété de protéines régulées par ces voies.
L'action du ZM-447439 sur l'Aurora kinase affecte les protéines impliquées dans la division cellulaire, et l'inhibition du PI3K par le LY294002 influence l'activité des protéines en aval dans la survie et la prolifération cellulaires. Le MG132, en inhibant le protéasome, peut conduire à l'accumulation de protéines qui sont normalement ciblées pour la dégradation, augmentant potentiellement l'activité de ces protéines. Le SP600125, en inhibant la JNK, peut moduler les protéines impliquées dans les réponses au stress et l'apoptose.
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