Les inhibiteurs chimiques de l'ACL5 agissent par divers mécanismes pour perturber les processus biologiques normaux dans lesquels l'ACL5 joue un rôle essentiel. Le miconazole, en interagissant avec l'enzyme 14-alpha déméthylase, entrave la synthèse des stérols, qui est vitale pour le maintien de la composition de la membrane cellulaire. De telles altérations de la membrane peuvent avoir un effet négatif sur la fonction de l'ACL5, étant donné sa localisation et son rôle dans les cils. De même, la trifluopérazine entrave les processus dépendant de la calmoduline. Étant donné que la calmoduline joue un rôle crucial dans la régulation de la fréquence des battements ciliaires et donc de la fonction ciliaire, la présence de trifluopérazine peut entraîner l'inhibition de l'ACL5. La génistéine cible les tyrosines kinases qui font partie intégrante des voies de signalisation cellulaires, y compris celles qui régissent les fonctions des cils, ce qui peut entraîner l'inhibition de l'ACL5. La chlorpromazine, en inhibant les récepteurs de la dopamine, peut également affecter le battement ciliaire et donc la fonction de l'ACL5.
L'inhibition de l'ACL5 peut également résulter d'une interférence avec les composants actine et microtubules du cytosquelette. Des composés comme la wiskostatine, la latrunculine A et la cytochalasine D perturbent la dynamique de l'actine, qui est essentielle pour l'assemblage et le maintien des cils, où l'ACL5 est localisé. La wiskostatine inhibe la N-WASP, la latrunculine A se lie aux monomères d'actine et la cytochalasine D se lie aux extrémités barbelées des filaments d'actine, empêchant ainsi une polymérisation correcte et donc une inhibition potentielle de l'ACL5. D'autre part, la colchicine, le nocodazole et la griséofulvine perturbent la fonction de la tubuline, un composant clé des microtubules qui forment la structure ciliaire. La colchicine se lie à la tubuline, empêchant sa polymérisation, le nocodazole se lie à la bêta-tubuline et inhibe la polymérisation des microtubules, et la griséofulvine perturbe la fonction des microtubules en se liant à la tubuline, ce qui peut entraîner l'inhibition de l'ACL5. Le paclitaxel, bien qu'il stabilise les microtubules, peut également perturber la dynamique des microtubules nécessaire au fonctionnement des cils, provoquant ainsi indirectement l'inhibition de l'ACL5. Enfin, l'harmine inhibe la kinase DYRK1A, qui peut être impliquée dans les voies de régulation de la fonction ciliaire, et son action peut donc conduire à l'inhibition de l'ACL5.
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