Les inhibiteurs chimiques de hIws1 peuvent parvenir à une inhibition fonctionnelle par le biais de diverses interactions moléculaires qui perturbent le rôle de la protéine dans la régulation de la transcription et le traitement de l'ARNm. La trichostatine A et le vorinostat (Suberoylanilide Hydroxamic Acid), deux inhibiteurs d'histones désacétylases, augmentent l'acétylation des histones, ce qui peut contrecarrer les contributions de hIws1 au remodelage de la chromatine, entravant ainsi son rôle dans l'élongation transcriptionnelle. De même, EPZ-6438 et GSK126, en tant qu'inhibiteurs de la méthyltransférase EZH2, empêchent la méthylation de l'histone H3, une modification post-traductionnelle sur laquelle s'appuie hIws1 pour exercer sa fonction de régulation de l'expression génétique. Il en résulte une perturbation des états de la chromatine qui sont propices au fonctionnement de hIws1 dans le cadre transcriptionnel. En outre, l'inhibition de la désacétylation des histones par le MS-275 modifie également les schémas d'acétylation, ce qui peut entraver l'interaction de hIws1 avec les histones modifiées, inhibant ainsi efficacement sa fonction.
De plus, l'inhibition de la voie de signalisation Hedgehog par la cyclopamine peut supprimer la transcription de gènes codant pour des protéines essentielles au rôle de traitement de l'ARNm de hIws1, diminuant ainsi son activité fonctionnelle. Le PF-477736, un inhibiteur de la kinase du point de contrôle, peut interférer avec la progression du cycle cellulaire et la réponse aux lésions de l'ADN, deux processus dans lesquels hIws1 est supposé être impliqué, conduisant à une diminution de l'activité de hIws1. L'action de l'ibrutinib sur la tyrosine kinase de Bruton peut perturber la signalisation du récepteur des cellules B, ce qui peut réduire l'expression des coactivateurs transcriptionnels essentiels à la fonction de hIws1. Dans le domaine des modifications épigénétiques, l'inhibition de la méthyltransférase G9a/GLP par l'A-366 pourrait également entraver la méthylation de l'histone H3, ce qui aurait un impact sur la régulation de la transcription par hIws1. La double inhibition d'EZH2 et d'EZH1 par l'UNC1999 peut entraîner une altération des schémas de méthylation des histones et affecter le remodelage de la chromatine et les programmes de transcription impliquant hIws1. JQ1 perturbe la reconnaissance des histones acétylées par les régulateurs transcriptionnels, ce qui constitue une étape critique pour hIws1 dans le processus de remodelage de la chromatine et d'élongation transcriptionnelle. Enfin, YK-4-279 perturbe l'interaction EWS-FLI1, qui joue un rôle dans la régulation transcriptionnelle et les processus d'épissage de l'ARNm impliquant hIws1, inhibant ainsi sa fonction dans ces processus cellulaires.
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