Les inhibiteurs chimiques de l'HDA4 ciblent la capacité de l'enzyme à supprimer les groupes acétyles des protéines histones, un processus essentiel dans la régulation de l'expression des gènes. La trichostatine A, le vorinostat et le panobinostat agissent en se liant au site actif de l'HDA4, nécessaire à son activité de désacétylase. Cette liaison entraîne une augmentation du taux d'histones acétylées, car l'enzyme n'est plus en mesure d'éliminer efficacement ces groupes fonctionnels. La romidepsine fonctionne selon un mécanisme similaire, mais sous la forme d'un peptide cyclique qui chélate l'ion zinc dans le site actif de l'HDA4, qui est vital pour l'activité de l'enzyme. Le bélinostat et l'entinostat inhibent également l'HDA4 en se liant à son site actif, mais ils se distinguent par leur sélectivité, qui permet une approche plus ciblée de l'inhibition de la fonction de l'enzyme.
Le chidamide se caractérise par sa structure benzamide, qui interagit avec le domaine catalytique de l'HDA4, inhibant ainsi l'enzyme. De même, l'acide valproïque, un acide gras à chaîne courte, perturbe l'activité catalytique de l'HDA4, entraînant une accumulation d'acétylation sur les histones. Les inhibiteurs chimiques de l'HDA4 entravent sa fonction de désacétylase, qui est essentielle pour la régulation de la structure de la chromatine et de l'expression des gènes. La trichostatine A, par exemple, inhibe l'HDA4 en empêchant la désacétylation des histones, ce qui entraîne une conformation plus ouverte de la chromatine. Le vorinostat et le panobinostat sont également des inhibiteurs de l'HDA4, capables de se lier au site actif de l'enzyme et d'entraver ainsi sa fonction. Ces inhibiteurs entraînent l'accumulation d'histones acétylées, ce qui peut affecter l'expression des gènes régulés par l'HDA4. La romidepsine, un peptide cyclique, agit par un mécanisme de chélation de l'ion zinc dans le site actif de l'HDA4, essentiel à son activité de désacétylase, ce qui conduit à l'inhibition de la fonction de l'enzyme.
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