Les inhibiteurs chimiques du H2-Q10 peuvent interférer avec divers processus cellulaires essentiels à sa fonction de présentation de l'antigène. La Brefeldine A perturbe le transport des protéines en inhibant le facteur d'ADP-ribosylation nécessaire au trafic vésiculaire entre le réticulum endoplasmique et l'appareil de Golgi. Cette action peut entraver la maturation et la localisation correctes du H2-Q10. De même, le Monensin, en tant qu'ionophore, perturbe l'équilibre entre le sodium et le calcium dans les cellules, ce qui peut également affecter les voies endosomales et lysosomales cruciales pour la charge peptidique du H2-Q10. La chloroquine et la curcumine agissent toutes deux en augmentant le pH dans les endosomes et les lysosomes, qui sont des environnements où le H2-Q10 se lie généralement aux antigènes. L'augmentation du pH peut entraver le traitement des antigènes, indispensable au rôle de H2-Q10.
En plus d'affecter H2-Q10, la colchicine cible le cytosquelette en se liant à la tubuline, empêchant sa polymérisation. Cette action peut perturber les fonctions du cytosquelette, y compris le transport et la présentation des antigènes par H2-Q10. Des inhibiteurs comme la Bafilomycine A1 et la Concanamycine A ciblent spécifiquement la H+-ATPase de type vacuolaire, empêchant l'acidification d'organites tels que les endosomes et les lysosomes, ce qui est vital pour le traitement des antigènes par le H2-Q10. L'inhibition de la synthèse protéique est une autre stratégie utilisée par l'Emetine, qui bloque le mouvement des ribosomes le long de l'ARNm, empêchant potentiellement la production de H2-Q10 et des peptides qu'il présente. La protéolyse, nécessaire à la génération des peptides présentés par le H2-Q10, peut être inhibée par la Leupeptine, qui cible les protéases à cystéine et à sérine, et par les inhibiteurs du protéasome tels que le MG-132, la Lactacystine et l'Epoxomicine. Ces inhibiteurs empêchent collectivement la dégradation des protéines en peptides adaptés au chargement du H2-Q10, inhibant ainsi efficacement sa fonction de présentation d'antigènes.
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