Les activateurs chimiques de FLJ46688 peuvent déclencher diverses voies de signalisation cellulaire conduisant à l'activation fonctionnelle de la protéine. La forskoline stimule directement l'adénylyl cyclase, augmentant les niveaux intracellulaires d'AMPc. Cette augmentation de l'AMPc peut ensuite activer la protéine kinase A (PKA) qui, à son tour, peut phosphoryler et activer la FLJ46688. De même, l'isoprotérénol, un agoniste bêta-adrénergique, augmente également les concentrations d'AMPc, favorisant ainsi l'activité de la PKA et l'activation potentielle ultérieure de FLJ46688. Une autre voie implique la modulation des niveaux de calcium intracellulaire. L'ionomycine, en agissant comme un ionophore du calcium, augmente la concentration de calcium à l'intérieur de la cellule. Le calcium élevé peut activer diverses kinases dépendantes du calcium capables de phosphoryler et donc d'activer FLJ46688. Le même mécanisme d'action peut être attribué à l'A23187, un autre ionophore calcique.
D'autre part, le Phorbol 12-myristate 13-acétate (PMA) est connu pour sa capacité à activer la protéine kinase C (PKC), qui pourrait directement phosphoryler FLJ46688. La caliculine A et l'acide okadaïque servent tous deux à inhiber les protéines phosphatases telles que PP1 et PP2A, ce qui entraîne une réduction du taux de déphosphorylation des protéines, y compris FLJ46688. Cette inhibition peut entraîner une augmentation nette de la phosphorylation et de l'activation de FLJ46688. La thapsigargin et la tunicamycine induisent un stress du réticulum endoplasmique qui peut activer des kinases activées par le stress capables de phosphoryler FLJ46688. L'anisomycine active les protéines kinases activées par le stress (SAPK), qui peuvent également cibler FLJ46688 pour la phosphorylation et l'activation. Enfin, le Bisindolylmaleimide I, un inhibiteur de la PKC, peut paradoxalement activer d'autres kinases en raison de mécanismes cellulaires compensatoires, et le H-89, bien qu'il soit principalement un inhibiteur de la PKA, peut également activer des voies compensatoires qui conduisent à l'activation de FLJ46688, mettant en évidence l'équilibre complexe au sein des réseaux de signalisation et la diaphonie potentielle entre les différentes cascades de signalisation dans la régulation de la fonction des protéines.
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