La staurosporine est un inhibiteur de kinase bien connu qui possède un large spectre de cibles, capable de perturber de multiples cascades de signalisation qui régulent souvent la fonction des protéines par le biais de la phosphorylation. Le paclitaxel, un stabilisateur de microtubules, peut indirectement influencer les protéines dont le fonctionnement ou la localisation dépendent de la dynamique des microtubules. La cyclopamine, en inhibant la voie Hedgehog, peut affecter les protéines qui sont impliquées ou régulées par cette voie de signalisation du développement.
Le bortézomib et le MG132 sont des inhibiteurs du protéasome; ils empêchent la dégradation des protéines, ce qui peut entraîner une accumulation de protéines, y compris des protéines mal repliées ou endommagées, qui peuvent influencer de nombreux processus cellulaires. LY294002 et PD98059 sont des inhibiteurs des voies PI3K/Akt et MAPK/ERK, respectivement, qui sont impliquées dans la survie, la prolifération et la différenciation cellulaires, et pourraient avoir un impact sur les protéines régulées par ces voies. Le SB431542 fonctionne comme un inhibiteur du récepteur du TGF-bêta, ce qui peut avoir un impact sur les protéines impliquées dans la voie de signalisation du TGF-bêta, affectant des processus tels que la prolifération et la différenciation cellulaires. L'U0126, similaire au PD98059, inhibe sélectivement la MEK et peut influencer la voie de signalisation MAPK/ERK. La rapamycine inhibe mTOR, un régulateur clé de la croissance cellulaire et du métabolisme, et pourrait affecter les protéines qui sont en aval de la voie mTOR. Le NSC23766 inhibe Rac1, qui est impliqué dans la régulation du cytosquelette d'actine, ce qui pourrait influencer les protéines associées à la structure et à la signalisation cellulaires. Z-VAD-FMK est un inhibiteur de la caspase qui peut affecter les voies apoptotiques, influençant potentiellement les protéines qui régulent ou sont activées par les processus dépendant de la caspase.
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