Des composés tels que la wortmannine et le LY294002 sont connus pour inhiber la PI3K, une kinase qui joue un rôle essentiel dans la croissance et la survie des cellules. En inhibant cette kinase, ces composés peuvent moduler la fonction des protéines régulées par la voie PI3K/Akt. PD98059 et U0126, qui ciblent spécifiquement MEK1/2 dans la voie MAPK/ERK, peuvent modifier l'activité des protéines qui font partie de cette cascade de signalisation, une voie critique pour la prolifération et la différenciation des cellules. En outre, des inhibiteurs tels que le SB203580 et le SP600125 ciblent des kinases répondant au stress, telles que p38 MAPK et JNK, respectivement. Ces enzymes sont impliquées dans la réponse cellulaire au stress et à l'apoptose, et leur inhibition peut affecter les protéines associées à ces voies. Des composés comme la rapamycine, qui inhibe la mTOR, peuvent perturber des processus tels que la synthèse des protéines et l'autophagie, affectant ainsi les protéines régulées par la signalisation de la mTOR.
Les inhibiteurs ciblant les fonctions cellulaires fondamentales comprennent la Brefeldine A, la Tunicamycine et la Thapsigargin. La Brefeldine A perturbe le transport du RE vers le Golgi, affectant les protéines impliquées dans le trafic vésiculaire. La tunicamycine bloque la glycosylation liée à l'azote, ce qui modifie la stabilité et la fonction des protéines glycosylées. La thapsigargin inhibe la pompe SERCA, perturbant l'homéostasie calcique, ce qui peut affecter les protéines associées à la signalisation calcique. La ciclosporine A, en inhibant la calcineurine, peut altérer la fonction des protéines impliquées dans l'activation des cellules T et d'autres mécanismes de signalisation, tandis que le 2-Deoxy-D-glucose, en inhibant la glycolyse, peut affecter les protéines impliquées dans la régulation métabolique.
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