Les inhibiteurs chimiques de BAZ2B agissent par divers mécanismes pour entraver son rôle dans le remodelage de la chromatine et la reconnaissance des histones méthylées ou acétylées. Le C646 agit en inhibant sélectivement p300, une histone acétyltransférase qui peut acétyler BAZ2B, réduisant ainsi sa capacité à se lier efficacement aux nucléosomes. De même, le garcinol et l'acide anacardique ciblent p300 et PCAF, une autre histone acétyltransférase qui, lorsqu'elle est inhibée, entraîne une diminution de l'acétylation de BAZ2B, limitant ainsi son activité de remodelage de la chromatine. La curcumine perturbe la fonction de BAZ2B en inhibant l'activité HAT de p300, qui est essentielle pour l'acétylation et l'activation ultérieure de BAZ2B. Cette perturbation entraîne une diminution de la capacité de BAZ2B à moduler la structure de la chromatine.
Des inhibiteurs tels que BIX-01294 et UNC0638 ciblent la capacité de reconnaissance de la méthylation de BAZ2B. Le BIX-01294 inhibe la G9a HMTase, qui méthyle les résidus d'histone que BAZ2B reconnaît et lie. L'UNC0638 entrave également la fonction de BAZ2B en inhibant les histone-méthyltransférases G9a et GLP, ce qui réduit l'interaction de BAZ2B avec la chromatine en raison d'une diminution du substrat de liaison. La chaétocine et la 3-Deazaneplanocine A réduisent également la méthylation des histones, la chaétocine inhibant SUV39H1 et la 3-Deazaneplanocine A ciblant EZH2, ce qui, dans les deux cas, entraînerait une diminution de la capacité de BAZ2B à se lier à ses histones méthylées cibles. L'entinostat, un inhibiteur d'HDAC de classe I, augmente l'acétylation des histones, ce qui pourrait interférer avec l'interaction de BAZ2B avec les histones méthylées. La quercétine inhibe les kinases responsables de la phosphorylation de BAZ2B, nécessaire à son activité, réduisant ainsi indirectement sa fonction. Le MG-132 empêche la dégradation protéasomique des protéines, ce qui pourrait interférer avec la signalisation dépendante de l'ubiquitine nécessaire à l'activité de BAZ2B. Enfin, l'I-CBP112 entre en compétition avec BAZ2B pour la liaison aux lysines acétylées sur les histones en raison de son inhibition des bromodomaines de CBP/p300, ce qui entrave la liaison de BAZ2B à la chromatine et sa fonction subséquente.
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