Les inhibiteurs chimiques de l'Atg9b ciblent différentes étapes de la voie de l'autophagie pour entraver sa fonction. La 3-méthyladénine et la wortmannine sont toutes deux des inhibiteurs de la phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K) de classe III, une enzyme qui fait partie intégrante de l'initiation de l'autophagie. Ces inhibiteurs empêchent la formation d'autophagosomes, inhibant ainsi l'incorporation de l'Atg9b dans la membrane autophagosomale. De même, le LY294002, un autre inhibiteur de PI3K, entrave le processus de nucléation des vésicules, qui est une condition préalable à l'activité de l'Atg9b. SAR405 et PIK-III, qui ciblent spécifiquement le complexe Vps34 et Vps34 PI3K respectivement, affectent de manière critique la nucléation des vésicules autophagiques, conduisant à une inhibition fonctionnelle de l'Atg9b. La spautine-1 inhibe indirectement l'Atg9b en favorisant la dégradation de PI3K et en perturbant la voie de l'autophagie, affectant ainsi le rôle de l'Atg9b dans la formation des autophagosomes.
En outre, l'hydroxychloroquine et la chloroquine augmentent toutes deux le pH lysosomal, ce qui perturbe la dégradation des autophagosomes, un processus dans lequel l'Atg9b est impliquée. Cette altération du pH inhibe indirectement la fonction de l'Atg9b en interférant avec la maturation des autophagosomes. La bafilomycine A1 et la concanamycine A, deux inhibiteurs de la V-ATPase, empêchent l'acidification des lysosomes, cruciale pour la fusion autophagosome-lysosome, inhibant indirectement l'Atg9b en perturbant le flux autophagique. La torine 1 et la Ku-0063794, en tant qu'inhibiteurs de mTOR, induisent initialement l'autophagie; cependant, en cas d'exposition prolongée, ils inhibent la maturation des autophagosomes. Cette perturbation du processus normal d'autophagie sert à inhiber fonctionnellement l'Atg9b en interférant avec son rôle dans la maturation des autophagosomes, démontrant comment la modulation des signaux autophagiques en amont et des conditions cellulaires peut conduire à l'inhibition fonctionnelle de l'Atg9b.
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