Les inhibiteurs chimiques de l'AGP-3 agissent par le biais de diverses voies cellulaires en ciblant des enzymes et des kinases spécifiques qui sont en amont ou font partie des cascades de signalisation essentielles à l'activité de l'AGP-3. Par exemple, Wortmannin et LY294002 sont des inhibiteurs des phosphoinositides 3-kinases (PI3K). La PI3K est essentielle à l'activation de plusieurs protéines en aval, dont l'AGP-3. En inhibant la PI3K, ces produits chimiques empêchent la formation de phosphatidylinositol (3,4,5)-trisphosphate, un messager secondaire nécessaire à l'activation de l'AGP-3. La rapamycine cible la voie mTOR, qui est un régulateur central de la croissance et de la prolifération cellulaires. Si la fonction de l'AGP-3 repose sur la signalisation mTOR, la rapamycine peut inhiber l'AGP-3 en perturbant les processus de synthèse protéique et d'autophagie contrôlés par mTOR. De même, le SB203580 et le PD98059 inhibent respectivement la MAP kinase p38 et la MEK. Ces kinases font partie de la voie MAPK, qui est souvent impliquée dans la régulation de la fonction des protéines. En inhibant ces kinases, le SB203580 et le PD98059 empêchent les événements de phosphorylation nécessaires qui conduiraient généralement à l'activation de l'AGP-3.
En outre, l'U0126, un inhibiteur sélectif de MEK1 et MEK2, et le SP600125, un inhibiteur de JNK, perturbent également la voie de signalisation MAPK, empêchant ainsi l'activation de l'AGP-3. La triciribine inhibe directement l'Akt, une kinase impliquée dans de nombreux processus cellulaires. Si l'AGP-3 fonctionne en aval de l'Akt, l'inhibition de l'Akt par la triciribine entraînerait la suppression de l'activité de l'AGP-3. Stattic agit en inhibant l'activation et la dimérisation de STAT3, un facteur de transcription. Si l'activité de l'AGP-3 est régulée par STAT3, Stattic inhiberait l'AGP-3 en empêchant l'activité transcriptionnelle nécessaire. NSC 23766 cible Rac1, une GTPase qui, lorsqu'elle est inhibée, perturbe les voies de signalisation dépendantes de Rac1, cruciales pour l'AGP-3. Le BAY 11-7082 inhibe le NF-κB, un facteur de transcription qui régule l'expression de divers gènes, y compris ceux nécessaires à la fonction de l'AGP-3. En bloquant la phosphorylation de l'IκBα, le BAY 11-7082 empêche NF-κB d'activer les gènes nécessaires à l'activité de l'AGP-3. Enfin, le CCG-1423 inhibe la signalisation transcriptionnelle médiée par RhoA qui, si elle est impliquée dans la régulation de l'AGP-3, entraînerait l'inhibition de l'AGP-3 en raison du blocage des effets de transcription génique de RhoA.
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