Les inhibiteurs chimiques de l'acyl-CoA thioestérase 3 utilisent divers mécanismes pour réduire l'activité de la protéine. La triacsine C cible directement la voie de biosynthèse de l'acyl-CoA en inhibant l'acyl-CoA synthétase à longue chaîne, ce qui réduit la disponibilité du substrat acyl-CoA nécessaire à la fonction enzymatique de l'acyl-CoA thioestérase 3. De même, l'AICAR active la protéine kinase activée par l'AMP qui, à son tour, renforce l'oxydation des acides gras, ce qui entraîne l'épuisement des substrats de l'acyl-CoA et une diminution conséquente de l'activité de l'acyl-CoA thioestérase 3. L'acide nicotinique agit en amont en inhibant la lipolyse, c'est-à-dire la dégradation des lipides en acides gras libres, ce qui entraîne une diminution de la production de molécules d'acyl-CoA. De cette manière, l'acide nicotinique limite indirectement la disponibilité du substrat pour l'acyl-CoA thioestérase 3.
La perhexiline, l'étomoxir, l'oxfénicine et le malonyl-CoA partagent un mécanisme commun d'inhibition de la carnitine palmitoyltransférase-1 (CPT-1), une enzyme essentielle au transport des acyl-CoA dans les mitochondries pour la β-oxydation. Cette inhibition entraîne une accumulation d'acyl-CoAs dans le cytosol. Les niveaux élevés d'acyl-CoA qui en résultent peuvent saturer l'acyl-CoA thioestérase 3 et entraver sa fonction en raison de l'inhibition du substrat. D'autre part, le mildronate inhibe la gamma-butyrobétaïne hydroxylase, ce qui réduit la synthèse de carnitine, diminuant ainsi le transport d'acyl-CoA dans les mitochondries et réduisant indirectement l'activité de l'acyl-CoA thioestérase 3 en limitant son substrat. La guggulstérone affecte le métabolisme des lipides, ce qui peut entraîner une diminution de la synthèse de l'acyl-CoA et une réduction conséquente de l'activité de l'acyl-CoA thioestérase 3 en diminuant la disponibilité du substrat. Le fénofibrate active le récepteur alpha activé par les proliférateurs de peroxysomes, qui régule l'oxydation des acides gras, ce qui peut entraîner une réduction des niveaux d'acyl-CoA et une inhibition indirecte de l'acyl-CoA thioestérase 3. La curcumine influence diverses voies métaboliques qui peuvent entraîner une modification des taux d'acyl-CoA, affectant à nouveau l'activité de l'acyl-CoA thioestérase 3. Ces divers composés, par leurs actions distinctes, contribuent tous à la modulation de l'activité de l'acyl-CoA thioestérase 3 en affectant les niveaux de ses substrats.
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