Les activateurs chimiques de l'ADN méthyltransférase 3B, brin opposé, peuvent interagir avec l'enzyme de diverses manières pour moduler son activité. La S-Adénosylméthionine sert de substrat direct, fournissant un groupe méthyle vital pour l'activité de méthylation de l'enzyme. RG108 interagit avec le domaine catalytique, garantissant que l'ADN méthyltransférase 3B, brin opposé, reste libre dans son état actif. La procaïne, bien que connue pour ses propriétés de déméthylation de l'ADN, peut indirectement renforcer l'activité de l'ADN méthyltransférase 3B, brin opposé, en modifiant le paysage de la méthylation, ce qui peut nécessiter une activité accrue de l'enzyme pour maintenir l'état de la méthylation. La caféine, par le biais de l'inhibition des phosphodiestérases, entraîne une augmentation des niveaux d'AMPc intracellulaire. Cette augmentation peut activer la protéine kinase A (PKA) qui, à son tour, peut phosphoryler et activer l'ADN méthyltransférase 3B, brin opposé. L'azacytidine, après avoir été incorporée dans les acides nucléiques, pourrait déclencher une réponse qui augmente l'activité de l'ADN méthyltransférase 3B, brin opposé, pour contrebalancer la déméthylation. Les propriétés antioxydantes de la quercétine réduisent les dommages oxydatifs de l'ADN, créant ainsi un environnement favorable aux fonctions de méthylation de l'ADN méthyltransférase 3B, brin opposé. La capacité de la génistéine à inhiber les tyrosines kinases peut modifier les voies de signalisation, ce qui peut entraîner une activation accrue de l'enzyme. L'activation par le resvératrol des sirtuines, impliquées dans les réponses cellulaires au stress, peut également favoriser l'activité de l'ADN méthyltransférase 3B, brin opposé dans les processus de réparation de l'ADN.
La curcumine interagit avec diverses voies de signalisation, ce qui pourrait entraîner une augmentation de l'activité de l'ADN méthyltransférase 3B, brin opposé, afin de maintenir la stabilité du génome. De même, l'incorporation de 5-Aza-2'-désoxycytidine pendant la réplication de l'ADN peut piéger l'enzyme sur l'ADN, ce qui peut entraîner une activation accrue dans le cadre d'une réponse cellulaire à l'enzyme piégée. La sinéfungine, bien qu'elle soit un inhibiteur, peut également activer l'ADN méthyltransférase 3B, brin opposé, par le biais d'interactions de liaison qui induisent des changements allostériques. Enfin, la modulation des voies de signalisation cellulaire par l'épigallocatéchine gallate peut conduire à des ajustements de l'activité de l'enzyme lorsque la cellule répond à des altérations de la signalisation.
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