Los inhibidores químicos de WDR88 actúan a través de diversos mecanismos para inhibir su función dentro de las vías de señalización celular. La wortmannina y el LY294002 son inhibidores específicos de la fosfoinositida 3-kinasa (PI3K), que desempeña un papel fundamental en la vía PI3K/AKT, a menudo asociada a las señales de crecimiento y supervivencia celular. Al inhibir la PI3K, estas sustancias químicas pueden impedir la activación de efectores posteriores que pueden ser esenciales para las funciones de WDR88, inhibiendo así su papel en la célula. La inhibición por Go6976, un potente inhibidor de la proteína quinasa C (PKC), sugiere que si la función de WDR88 está mediada por vías dependientes de la PKC, su actividad se vería interrumpida por la inhibición de la PKC. Del mismo modo, ML7 se dirige a la miosina quinasa de cadena ligera (MLCK), una enzima implicada en la organización del citoesqueleto. El papel de WDR88 en procesos dependientes de la actividad MLCK se vería afectado por ML7, lo que conduciría a la inhibición de su función en la dinámica del citoesqueleto.
Además, el SB203580 y el PD98059 inhiben la p38 MAP quinasa y la MEK, respectivamente, que son componentes de la vía de señalización MAPK. Si WDR88 depende de la señalización p38 MAPK o ERK para su función, la inhibición de estas quinasas interrumpiría la cascada de señalización que implica a WDR88. SP600125, un inhibidor de la c-Jun N-terminal quinasa (JNK), e Y-27632, un inhibidor selectivo de la proteína quinasa asociada a Rho (ROCK), se dirigen a quinasas que podrían regular WDR88 a través de sus respectivas vías. La inhibición de JNK o ROCK probablemente conduciría a una disminución de la actividad de WDR88 en procesos regulados por estas vías. El U73122, que inhibe la fosfolipasa C (PLC), y el BAPTA-AM, un quelante del calcio, interrumpen la señalización dependiente del calcio. Dado que WDR88 puede estar regulado por dicha señalización, su uso puede conducir a una inhibición del papel de WDR88 en las vías mediadas por calcio. Además, KN-93 y PP2, inhibidores de la proteína quinasa II dependiente de calcio/calmodulina (CaMKII) y de las tirosina quinasas de la familia Src, respectivamente, afectan a las funciones asociadas de WDR88 al inhibir estas quinasas, que pueden ser reguladoras anteriores de la actividad de WDR88 dentro de la célula.
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