Los inhibidores químicos de TSPAN11 funcionan a través de varios mecanismos para interrumpir su actividad dentro de las membranas celulares. El GW4869, al dirigirse a la esfingomielinasa, impide la formación de ceramida, un lípido crítico en la composición de los microdominios enriquecidos con tetraspanina en los que la TSPAN11 es activa. La ausencia de ceramida puede desorganizar estos microdominios e impedir la función de TSPAN11 dentro de estas estructuras. Por otro lado, la manumicina A inhibe la farnesiltransferasa, una enzima responsable de la modificación postraduccional de las proteínas con las que interactúa TSPAN11. Esta inhibición impide la farnesilación que es necesaria para la correcta localización y transporte de TSPAN11, afectando así a su función. Del mismo modo, el D609 altera la actividad de TSPAN11 al inhibir la fosfolipasa C específica de la fosfatidilcolina, que es esencial para la producción de diacilglicerol, una molécula integral para la dinámica de la membrana y la función de TSPAN11.
La perifosina interfiere con TSPAN11 inhibiendo la señalización Akt, una vía que ayuda a regular la localización y función de TSPAN11 dentro de las membranas celulares. La imipramina, un amplio inhibidor de la esfingomielinasa ácida, inhibe de forma similar la formación de ceramida, que es crucial para la asociación de TSPAN11 con las balsas lipídicas, afectando en consecuencia a su función. La progesterona, a través de su interacción con los receptores sigma-1 que se asocian con TSPAN11, puede alterar las interacciones funcionales de TSPAN11. El U73122, al inhibir la fosfolipasa C, puede interrumpir las vías de transducción de señales en las que interviene el TSPAN11. La metil-β-ciclodextrina y la Filipina III se dirigen al colesterol dentro de las membranas celulares, extrayéndolo o uniéndose a él respectivamente, lo que altera las balsas lipídicas en las que opera TSPAN11, provocando una inhibición funcional. La genisteína, como inhibidor de la tirosina quinasa, altera las vías de señalización que regulan el TSPAN11. La monensina altera los gradientes iónicos intracelulares, influyendo en el tráfico y la función de TSPAN11. Por último, la nistatina, al igual que la metil-β-ciclodextrina y la filipina III, se une al colesterol e interrumpe las balsas lipídicas, inhibiendo así el papel de TSPAN11 dentro de estos microdominios de membrana.
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