Los inhibidores de la TMPPE comprenden un conjunto diverso de compuestos químicos dirigidos a diversos aspectos del metabolismo celular y la función mitocondrial, vías en las que interviene la TMPPE. La palmitoil-DL-carnitina, por ejemplo, debilita la TMPPE al interrumpir la oxidación de los ácidos grasos, un proceso que la TMPPE modula, disminuyendo así indirectamente su actividad. Del mismo modo, la oligomicina A y la azida sódica reducen la producción de ATP y la actividad de la citocromo c oxidasa, respectivamente, ambas esenciales para la función mitocondrial en la que puede influir la TMPPE, lo que se traduce en una inhibición indirecta de la TMPPE. Tanto el etomoxir como la perhexilina obstruyen diferentes aspectos del metabolismo de los ácidos grasos al inhibir las enzimas carnitina palmitoiltransferasa, lo que puede dar lugar a una menor actividad funcional de la TMPPE si está asociada al metabolismo de los lípidos. Además, el ácido bongkrekico y la rotenona, al dirigirse a la adenina nucleótido translocasa y al complejo I de la cadena mitocondrial de transporte de electrones, respectivamente, podrían influir en la actividad de la TMPPE al interferir en la energía y la respiración mitocondriales.
La inhibición funcional de la TMPPE se extiende a su posible implicación en la glucólisis y el metabolismo del piruvato, como demuestran las acciones de la 2-Deoxi-D-glucosa, el yodoacetato y el óxido de fenilarsina. La 2-Deoxi-D-glucosa actúa como inhibidor competitivo de la glucólisis, lo que podría impedir las vías energéticas celulares en las que participa la TMPPE. Tanto el yodoacetato, mediante la alquilación de las enzimas glucolíticas, como el óxido de fenilarsina, a través de la inhibición del complejo piruvato deshidrogenasa, contribuyen a amortiguar los procesos metabólicos que pueden ser esenciales para la función de la TMPPE. La acción de la cerulenina de inhibir la síntesis de ácidos grasos también podría provocar una disminución de la actividad de la TMPPE al afectar a los procesos relacionados con los lípidos. El aloxano, aunque conocido principalmente por su toxicidad selectiva hacia las células β, podría ejercer una influencia indirecta sobre la TMPPE al alterar las vías metabólicas que se sospecha que regula la TMPPE. En conjunto, estos inhibidores de la TMPPE, a través de sus efectos selectivos sobre los procesos metabólicos celulares, consiguen una disminución de la actividad funcional de la TMPPE.
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