Los inhibidores químicos de SIKE pueden interferir en la función de la proteína a través de diversos mecanismos relacionados con su papel en la señalización mediada por TBK1/IKKε. La estaurosporina, un inhibidor de quinasas de amplio espectro, puede inhibir la actividad quinasa que se cree que regula SIKE, modulando así las vías de señalización asociadas. Del mismo modo, Wortmannin y LY294002, ambos inhibidores específicos de la fosfoinositida 3-kinasa (PI3K), pueden inhibir indirectamente las acciones moduladoras de SIKE reduciendo la señalización PI3K, que es necesaria para la activación completa del complejo TBK1/IKKε. La rapamicina, que se dirige a mTOR, un componente de la vía PI3K/AKT, también puede afectar indirectamente a SIKE al inhibir componentes de señalización corriente abajo que pueden estar corriente arriba del complejo TBK1/IKKε.
Se observa una inhibición indirecta adicional de SIKE con la aplicación de SB203580 y SP600125, que se dirigen a la p38 MAP quinasa y a la c-Jun N-terminal quinasa (JNK), respectivamente. Dado que tanto p38 MAPK como JNK pueden influir en la señalización de TBK1, su inhibición puede reducir la actividad funcional de SIKE. Otros compuestos como U0126 y PD98059, ambos inhibidores de MEK, pueden suprimir la vía MEK/ERK, que está potencialmente vinculada a la señalización TBK1/IKKε, afectando así indirectamente a la función de SIKE. La inhibición por BAY 11-7082 de la activación de NF-κB y la inhibición por IKK-16 de IKK2 también pueden conducir a una regulación a la baja de la actividad de TBK1 y, por tanto, de la actividad de SIKE. Por último, Go6976 y KU-55933, que inhiben la proteína cinasa C y la cinasa ATM respectivamente, pueden modificar las vías de señalización que influyen en la función de TBK1, modulando así indirectamente la actividad de SIKE dentro de estas vías.
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