Los inhibidores químicos de la SCCPDH pueden regular la actividad de la enzima a través de diversos mecanismos bioquímicos. La tricostatina A, por ejemplo, actúa como inhibidor de la histona desacetilasa, lo que provoca un aumento de la acetilación de las histonas y altera la expresión génica. Este cambio en la expresión génica puede influir en las vías metabólicas en las que opera la SCCPDH, modulando así su actividad. Del mismo modo, el MG-132, un inhibidor del proteasoma, impide la degradación de las proteínas ubiquitinadas, lo que puede dar lugar a la acumulación de proteínas que regulan negativamente la SCCPDH, inhibiendo así su función. El alopurinol, al inhibir la xantina oxidasa, afecta al metabolismo de las purinas y puede alterar los niveles de metabolitos que regulan la actividad de la SCCPDH a través de la inhibición por retroalimentación. Además, el metotrexato, que afecta a la vía del folato al inhibir la dihidrofolato reductasa, puede alterar la disponibilidad de sustratos o cofactores necesarios para la SCCPDH, provocando su inhibición.
Además, inhibidores como el 5-fluorouracilo, que actúa sobre la timidilato sintasa, pueden afectar a la SCCPDH al alterar el equilibrio de las reservas de nucleótidos, un efecto derivado de la interconexión de las vías metabólicas. La actividad de la SCCPDH también puede verse influida por el ritonavir, que inhibe el citocromo P450 3A4, afectando así a las vías del metabolismo de los fármacos que se cruzan con las vías metabólicas de la SCCPDH. Compuestos como el galato de epigalocatequina y el omeprazol pueden alterar el paisaje enzimático en el que funciona la SCCPDH, ya sea influyendo en las enzimas de señalización celular o afectando a procesos fisiológicos sistémicos como el pH gástrico, respectivamente. El papel de la rapamicina como inhibidor de mTOR conlleva amplios efectos sobre el crecimiento celular y la síntesis proteica, reduciendo potencialmente el flujo metabólico a través de las vías de la SCCPDH. La inhibición de la transcriptasa inversa por parte de la zidovudina puede disminuir la demanda de los intermediarios metabólicos que la SCCPDH ayuda a producir. Por último, compuestos como la leupeptina y el ortovanadato sódico pueden modular la actividad de la SCCPDH mediante la inhibición de proteasas y fosfatasas, respectivamente, afectando al recambio y al estado postraduccional de las proteínas que regulan la SCCPDH.
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