Los inhibidores de la SAP 30BP giran predominantemente en torno a compuestos que influyen en las actividades de la histona deacetilasa (HDAC) y otros marcadores epigenéticos. La tricostatina A, el SAHA, la romidepsina, el ácido valproico, el mocetinostat y el entinostat son inhibidores de la HDAC. Estas sustancias químicas desempeñan un papel crucial en la modulación de los estados de acetilación de las histonas, que a su vez afectan a la estructura y accesibilidad de la cromatina. Como SAP30BP está asociada al complejo Sin3-HDAC, estos inhibidores pueden modular la actividad de este complejo y, por extensión, de SAP30BP.
Otro subconjunto importante de esta clase son los inhibidores del bromodominio BET, a saber, JQ1 e I-BET151. Estos compuestos impiden la unión de las proteínas BET a las histonas acetiladas, afectando potencialmente a la regulación transcripcional y a la estructura de la cromatina en las que puede influir SAP30BP. Por último, la clase química incluye inhibidores dirigidos a las histonas metiltransferasas (HMT) como Chaetocin, UNC0638, BIX-01294 y EPZ005687. Estos inhibidores modulan los estados de metilación de las histonas, afectando además a la dinámica de la cromatina y, potencialmente, a las vías o procesos en los que interviene SAP30BP.
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