Los activadores químicos de la SAMD3 pueden modular su actividad a través de diversas vías bioquímicas. Se sabe que la forskolina estimula directamente la adenilil ciclasa, que aumenta los niveles de AMP cíclico (AMPc) dentro de la célula. Este aumento del AMPc puede activar la proteína quinasa A (PKA), una quinasa capaz de fosforilar la SAMD3, lo que conduce a su activación. Del mismo modo, el 8-Br-cAMP, un análogo sintético del AMPc, puede penetrar en las membranas celulares y activar la PKA, que a su vez fosforila la SAMD3. Otro compuesto, el forbol 12-miristato 13-acetato (PMA), actúa activando la proteína cinasa C (PKC). Una vez que la PKC está activa, puede fosforilar la SAMD3, aumentando así su actividad. El cloruro de zinc desempeña una función diferente; los iones de zinc pueden unirse a sitios específicos de SAMD3, provocando un cambio conformacional que puede activar la proteína.
Además, la ionomicina y el A23187, ambos ionóforos de calcio, aumentan la concentración intracelular de iones de calcio, que pueden activar las proteínas quinasas dependientes de calcio. Estas quinasas tienen la capacidad de fosforilar SAMD3, alterando su actividad. Laapsigargina contribuye al aumento de los niveles de calcio intracelular inhibiendo la ATPasa de Ca2+ del retículo sarco/endoplásmico (SERCA), lo que da lugar a la activación de SAMD3 a través de la fosforilación mediada por calcio. La S-nitroso-N-acetilpenicilamina (SNAP) libera óxido nítrico dentro de la célula y puede provocar la S-nitrosilación de la SAMD3, una modificación covalente que la activa. El peróxido de hidrógeno, como fuente de especies reactivas de oxígeno, puede inducir modificaciones oxidativas de la SAMD3, que pueden afectar a su función. Además, el dibutiril-cAMP, otro análogo del cAMP, puede difundirse en las células y activar la PKA, dando lugar a la fosforilación y consiguiente activación de la SAMD3. Por último, el ácido okadaico y la caliculina A, ambos inhibidores de las proteínas fosfatasas, provocan la fosforilación sostenida de proteínas como la SAMD3 al impedir su desfosforilación, manteniendo así la SAMD3 en un estado activo.
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