Chemische Aktivatoren von SAMD3 können dessen Aktivität über verschiedene biochemische Wege modulieren. Es ist bekannt, dass Forskolin die Adenylylzyklase direkt stimuliert, was zu einem Anstieg des zyklischen AMP (cAMP) in der Zelle führt. Dieser Anstieg von cAMP kann dann die Proteinkinase A (PKA) aktivieren, eine Kinase, die die Fähigkeit hat, SAMD3 zu phosphorylieren, was zu dessen Aktivierung führt. In ähnlicher Weise kann 8-Br-cAMP, ein synthetisches Analogon von cAMP, die Zellmembranen durchdringen und die PKA aktivieren, die dann SAMD3 phosphoryliert. Eine andere Verbindung, Phorbol 12-Myristat 13-Acetat (PMA), wirkt durch Aktivierung der Proteinkinase C (PKC). Sobald die PKC aktiv ist, kann sie SAMD3 phosphorylieren und damit dessen Aktivität erhöhen. Zinkchlorid hat eine andere Funktion: Zinkionen können sich an bestimmte Stellen von SAMD3 binden und eine Konformationsänderung bewirken, die das Protein aktivieren kann.
Außerdem erhöhen Ionomycin und A23187, beides Kalziumionophore, die intrazelluläre Konzentration von Kalziumionen, die dann kalziumabhängige Proteinkinasen aktivieren können. Diese Kinasen sind in der Lage, SAMD3 zu phosphorylieren und damit seine Aktivität zu verändern. Thapsigargin trägt zum Anstieg des intrazellulären Kalziumspiegels bei, indem es die Ca2+-ATPase des sarko/endoplasmatischen Retikulums (SERCA) hemmt, was zur Aktivierung von SAMD3 durch kalziumvermittelte Phosphorylierung führt. S-Nitroso-N-acetylpenicillamin (SNAP) setzt Stickstoffmonoxid in der Zelle frei und kann zur S-Nitrosylierung von SAMD3 führen, einer kovalenten Modifikation, die es aktiviert. Wasserstoffperoxid als Quelle reaktiver Sauerstoffspezies kann oxidative Modifikationen von SAMD3 hervorrufen, die seine Funktion beeinträchtigen können. Außerdem kann Dibutyryl-cAMP, ein weiteres cAMP-Analogon, in die Zellen diffundieren und PKA aktivieren, was zur Phosphorylierung und damit zur Aktivierung von SAMD3 führt. Schließlich führen Okadainsäure und Calyculin A, beides Inhibitoren von Proteinphosphatasen, zu einer anhaltenden Phosphorylierung von Proteinen wie SAMD3, indem sie deren Dephosphorylierung verhindern und so SAMD3 in einem aktiven Zustand halten.
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