SAMD3の化学的活性化剤は、様々な生化学的経路を通じてその活性を調節することができる。フォルスコリンはアデニリルシクラーゼを直接刺激することが知られており、細胞内のサイクリックAMP(cAMP)のレベルを増加させる。このcAMPの上昇は、次にSAMD3をリン酸化する能力を持つキナーゼであるプロテインキナーゼA(PKA)を活性化し、その活性化につながる。同様に、cAMPの合成アナログである8-Br-cAMPは、細胞膜を透過してPKAを活性化し、SAMD3をリン酸化する。別の化合物であるフォルボール12-ミリスチン酸13-アセテート(PMA)は、プロテインキナーゼC(PKC)を活性化することで機能する。PKCが活性化すると、SAMD3をリン酸化し、活性を高めることができる。亜鉛イオンはSAMD3の特定の部位に結合し、タンパク質を活性化する構造変化を引き起こす。
さらに、カルシウムイオノフォアであるイオノマイシンとA23187は、カルシウムイオンの細胞内濃度を上昇させ、カルシウム依存性プロテインキナーゼを活性化する。これらのキナーゼはSAMD3をリン酸化し、その活性を変化させる能力を持つ。タプシガルギンは、サルコ/小胞体Ca2+ ATPase(SERCA)を阻害することによって細胞内カルシウム濃度の上昇に寄与し、その結果、カルシウムを介したリン酸化によってSAMD3が活性化される。S-ニトロソ-N-アセチルペニシラミン(SNAP)は細胞内で一酸化窒素を放出し、SAMD3を活性化する共有結合修飾であるS-ニトロシル化を引き起こす。過酸化水素は、活性酸素種の供給源として、SAMD3の酸化的修飾を誘導し、その機能に影響を与える可能性がある。さらに、もう一つのcAMPアナログであるジブチリル-cAMPは、細胞内に拡散してPKAを活性化し、その結果、SAMD3がリン酸化され、活性化される。最後に、オカダ酸やカリクリンAは、どちらもタンパク質リン酸化酵素の阻害剤であり、脱リン酸化を阻害することによって、SAMD3のようなタンパク質のリン酸化を持続させ、SAMD3を活性状態に維持する。
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