POLR2L puede iniciar una serie de acontecimientos intracelulares que conducen a su activación. Compuestos como el A23187 y la Ionomicina funcionan como ionóforos de calcio, que facilitan la entrada de iones de calcio en la célula. El aumento de la concentración de calcio intracelular puede tener un efecto directo sobre enzimas y proteínas que requieren iones de calcio para su actividad. Dado que POLR2L es una subunidad de la ARN polimerasa II, que requiere calcio para su funcionamiento óptimo, estos ionóforos pueden potenciar el papel de POLR2L en el proceso de transcripción. Por otra parte, el forbol 12-miristato 13-acetato (PMA) activa la proteína cinasa C (PKC), que fosforila el dominio C-terminal (CTD) de la ARN polimerasa II. Este evento de fosforilación es crucial para las fases de iniciación y elongación de la transcripción, activando así POLR2L. La forskolina actúa mediante un mecanismo diferente, estimulando la adenilato ciclasa, lo que da lugar a niveles elevados de AMP cíclico (AMPc). El aumento de AMPc activa la proteína quinasa A (PKA), que puede fosforilar y activar factores de transcripción que trabajan en cooperación con POLR2L como parte del complejo ARN polimerasa II.
Los inhibidores de las proteínas fosfatasas, como el ácido okadaico, la cantaridina y la caliculina A, mantienen a POLR2L en un estado activado impidiendo la desfosforilación del CTD de la ARN polimerasa II. La fosforilación persistente del CTD mantiene a POLR2L activa y comprometida en el proceso de elongación de la transcripción. La brefeldina A afecta indirectamente a POLR2L a través de la alteración del aparato de Golgi, lo que provoca respuestas de estrés celular que pueden aumentar la actividad transcripcional. La función del MG-132 es inhibir el proteasoma, lo que impide la degradación de las proteínas que regulan la actividad de la ARN polimerasa II, favoreciendo así la activación de POLR2L. La acción de los inhibidores de la histona desacetilasa, como la tricostatina A y el butirato sódico, consiste en facilitar una estructura más relajada de la cromatina mediante el aumento de la acetilación de las histonas. Esta estructura relajada permite a POLR2L, como parte del complejo ARN polimerasa II, un mejor acceso al ADN para la transcripción. Por último, la 5-azacitidina, al incorporarse al ARN y al ADN, provoca cambios en el patrón de metilación del ADN, lo que puede alterar los perfiles de expresión génica y modificar indirectamente la actividad de POLR2L a través de la compleja maquinaria transcripcional.
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