Los inhibidores químicos de PDZ-GEF1 se dirigen a diversas vías de señalización y mecanismos moleculares para lograr la inhibición funcional de la proteína. El Ly294002, por ejemplo, inhibe las fosfoinositido 3-cinasas (PI3K), que son reguladores ascendentes en la vía de señalización PI3K/Akt en la que PDZ-GEF1 está activa. Al obstaculizar la PI3K, se impide la subsiguiente activación de Akt y la eventual activación de PDZ-GEF1, lo que conduce a una interrupción de la cascada de señalización que normalmente propagaría PDZ-GEF1. La wiskostatina adopta un enfoque diferente al inhibir N-WASP, un efector corriente abajo que trabaja conjuntamente con los procesos de polimerización de actina influidos por PDZ-GEF1. Esta alteración inhibe la reorganización del citoesqueleto, que es un proceso que PDZ-GEF1 puede regular. Del mismo modo, el NSC23766 se dirige a Rac1, una pequeña GTPasa activada por PDZ-GEF1, y al inhibir Rac1, interrumpe eficazmente los eventos de señalización corriente abajo que son facilitados por la activación de PDZ-GEF1.
Siguiendo con el tema de la inhibición específica de vías, ML141 y EHT 1864 se dirigen a las GTPasas Cdc42 y Rac, respectivamente. ML141, al inhibir Cdc42, obstaculiza indirectamente la señalización PDZ-GEF1 porque PDZ-GEF1 activa Cdc42 para inducir cambios en el citoesqueleto. EHT 1864 impide la activación de Rac, obstruyendo así la señalización Rac mediada por PDZ-GEF1. PD98059 y SP600125 son inhibidores de MEK y JNK, respectivamente, ambos componentes de la vía MAPK/ERK, una vía que PDZ-GEF1 puede activar. Al inhibir estas quinasas, se bloquea la señalización que suele propagarse aguas abajo de PDZ-GEF1. El SB203580, otro inhibidor de la vía MAPK, se dirige específicamente a la p38 MAPK y, como tal, interrumpe la cascada de señalización de PDZ-GEF1. Y-27632 y Gö6976 inhiben ROCK y PKC convencionales, respectivamente, que podrían estar implicadas en vías de señalización corriente abajo de PDZ-GEF1. Al bloquear estas quinasas, los inhibidores impiden los eventos de fosforilación necesarios para que PDZ-GEF1 ejerza sus funciones reguladoras. El PP2, un inhibidor de quinasas de la familia Src, impide la actividad de quinasas potencialmente implicadas en las vías relacionadas con PDZ-GEF1, perjudicando así la transducción de señales que PDZ-GEF1 facilitaría normalmente. Por último, el BAPTA-AM, un quelante del calcio, interrumpe las vías de señalización dependientes del calcio en las que puede estar implicada la PDZ-GEF1, inhibiendo así indirectamente las respuestas celulares impulsadas por la PDZ-GEF1.
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